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我想比较几种不同度量（即 Bray-Curtis、Jaccard、Gower）的行为。我已经看到使用主成分双标图完成了这项工作（即参见下面的 Legendre 和 Caceres，2013）：

在此处输入图像描述

有什么建议可以解决这个问题吗？下面提供的示例数据：

# Load the required packages
library(ade4)
library(vegan)
library(FD)

#Load data
data(dune)

# Calculate a series of dissimilarity measures for the data
dune.bc <- vegdist(dune, method="bray")
dune.mh <- vegdist(dune, method="manhattan")
dune.eu <- vegdist(dune, method="euclidean")
dune.cn <- vegdist(dune, method="canberra")
dune.k <- vegdist(dune, method="kulczynski")
dune.j <- vegdist(dune, method="jaccard")
dune.g <- vegdist(dune, method="gower")
dune.m <- vegdist(dune, method="morisita")
dune.h <- vegdist(dune, method="horn")
dune.mf <- vegdist(dune, method="mountford")
dune.r <- vegdist(dune, method="raup")
dune.bi <- vegdist(dune, method="binomial")
dune.c <- vegdist(dune, method="chao")

#Compare the behaviour of the dissimilarity measures using a PCA plot
# Suggestions on how proceed with this step would be greatly appreciated!
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2 回答 2

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嗯，这不是作者所做的。如果您阅读那篇论文，PCA 双图是每个相异系数的属性矩阵之一，而不是k个相异矩阵的 PCA 。基本上，他们通过 PCA 分析了论文中的表 2（减去最右边的列，标记为 *D*max）。

除了通过 Procrustes 旋转和相关的 PROTEST 置换测试或 Mantel 测试之外，我不知道比较相异矩阵的方法，也许：请参阅procrustes()和protest()mantel()

您可以查看rankindex()具有梯度值的系数作为另一个比较。

于 2013-08-29T22:27:54.197 回答
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听起来您正在尝试做的是第二阶段分析？

取几个相异矩阵，在它们之间生成成对的等级相关性，这就是你的相异矩阵的相异矩阵。从那里您可以使用 NMDS 将它们全部绘制出来。通常，您会发现类似的计算（即欧几里德家族、布雷柯蒂斯家族等）紧密地组合在一起。

查看：通过第二阶段社区分析探索互动。(2006) 克拉克、萨默菲尔德、艾罗迪和沃里克

在这里，他们按照您的建议或想要做：关于生态研究的相似性测量，包括分类学差异和裸露组合的 zer 调整 Bray-Curtis 系数。(2006) 克拉克、萨默菲尔德和查普曼。

于 2013-10-28T16:42:50.217 回答