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我会metaMDS使用不同的符号绘制点。我会将站点分类并将其绘制为具有不同符号的点。

我有 89 个站点，我会将它们分成 11 个组，然后绘制它。

你知道我该怎么做吗？

非常感谢。

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这是一个在vegan中使用基图的简单示例。我的博客文章中有更多关于该主题的详细信息。关键是为 11 个组（pchs下）创建一组绘图字符，然后使用包含组成员身份的因子（下）索引该组字符grps。

require("vegan")
data(dune)

set.seed(123)
sol <- metaMDS(dune)

pchs <- 1:11
grps <- factor(sample(LETTERS[1:11], nrow(dune), replace = TRUE))
## note that not all 11 groups are included in this sample
## but this is just for show - you will have a variable containing
## the group membership data

plot(sol, type = "n", display = "sites")
points(sol, display = "sites", pch = pchs[grps])

如果你想要更多的自动化并且乐于使用ggplot2包，我已经开始了一个新的包，ggvegan它将为你做这件事。ggvegan目前不在 CRAN 或 R-forge 上，因此您需要自己构建包或使用devtools包中的工具安装它。

require("ggvegan")
scrs <- fortify(sol)
scrs <- subset(scrs, subset = Score == "sites")
## ggplot doesn't like more than 6 groups for shape
grps <- factor(sample(LETTERS[1:6], nrow(dune), replace = TRUE))
scrs <- cbind(scrs, Group = grps) ## add on the group variable

## do the plot
ggplot(scrs, aes(x = Dim1, y = Dim2, shape = Group, colour = Group)) + 
  geom_point() + coord_fixed()

对于超过六个组，您需要通过 a 手动指定形状，scale但这超出了本答案的范围。

ggvegan还处于早期阶段，我可能会让这些fortify方法接受额外的向量以添加到强化分数中，但现在您必须自己添加分组变量。

于 2013-05-10T15:11:21.410 回答