r - 在 R vegan 包的 NMDS 图中包括箭头

Question

我正在使用 vegan 包在 R 中绘制 NMDS 分析社区相似性。这是基于包含不同处理的社区矩阵：

NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)

谁能告诉我如何画箭头来显示个别物种对治疗的反应？

Answer 1

在这样的情节中，箭头将是错误的解释；没有任何理由假设在一个最好保持样本的等级顺序差异的图中，物种在该空间中线性响应。

我们添加物种，就像它们在 CA 中一样，作为样本分数的加权平均值，可能会扩大。

您可以通过将物种向量投影到空间中来添加物种向量，在您的情况下envfit()，通过将 NMDS 对象和物种数据传递给它。community_matrix如果你有很多物种，我可能会放弃排列，除非你真的需要这样的重要性指示。