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我觉得这可能是一个愚蠢的问题，但我花了很长时间寻找答案，但似乎找不到答案。甚至很难知道要搜索什么，所以如果在你知道的其他地方回答了这个问题，我只需要一个链接。

然而。我正在尝试使用 vegan 包在 R 中做一个简单的 CA，它工作正常。但是，我生成的图只显示了 60 个“站点”，而实际上我有 135 个。有谁知道为什么会发生这种情况？我需要能够显示所有的对象。我的代码如下

library(vegan)
CPUE.matrix <- read.csv("CPUE_Matrix_CA.csv", header=TRUE, row.names=1)
cpue.ca <- cca(CPUE.matrix)
plot(cpue.ca, type="n")
points(cpue.ca, display = "sites", cex = 1.3,  bg=labels, pch=20, col="red")
text(cpue.ca, display = "spec", cex=0.9, col="black")

为了让您了解我的数据是什么样的：

head(CPUE.matrix)

       Black.Rockfish Brown.Rockfish Copper.Rockfish Pacific.Cod
1974_G57       0.000000      0.0000000       0.4731183        0.00
1974_H66       0.000000      1.6666667       2.0000000        0.00
1974_H67       0.000000      0.0000000       0.0000000        0.00
1974_H78       2.726236      0.0000000       2.6171869        0.00
1974_H79       0.000000      0.5660377       0.0000000        0.00
1974_H80       0.000000      0.1600000       0.0000000        0.08
         Quillback.Rockfish
1974_G57          0.5677419
1974_H66          0.6666667
1974_H67          0.6037736

数据是 5 种鱼类、135 个位置以及每个物种在单元格中每个位置的单位努力捕获量。当我绘图时，绘图中显示的位置不够多。

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只是为了解决这个问题：就像在评论线程中一样，事实证明许多站点相互重叠。正如其他 SO 问题中提到的那样，使这一点更加明显的一种方法是以部分透明度进行绘图。这样，重叠的项目会比单个项目看起来更暗。参见，例如，R: Scatterplot with too many points

于 2012-12-21T12:44:04.980 回答