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我有一个巨大的丰度矩阵作为R中的data.frame（下面的示例），我想从中输出一个简单的表格，其中包含存在的物种数量（Otu00001，以及具有超过1个属性序列的Otus）和属性序列的数量（个人，该样本的每个 Otu 中的数字）每个样本（每一行，ALG(...)）。

之后，对下表 (SCIE_NAME) 中的样本（行名）进行平均。

丰度矩阵

这是包含样本对应类别的表格。

                  SCIE_NAME
ALG12.100.1019556  Cliona viridis
ALG12.101.1020199  Cliona viridis
ALG12.102.1019695  Cliona viridis
ALG12.103.1020514  Cliona celata complex
ALG12.104.1020008  Phorbas fictitius
ALG12.105.1019558  Phorbas fictitius
ALG12.106.1020012  Phorbas fictitius
ALG12.107.1019998  Dysidea fragilis
ALG12.108.1020068  Dysidea fragilis
ALG12.109.1019636  Dysidea fragilis
ALG12.110.1020285  Cliona celata complex
ALG12.111.1019802  Cliona celata complex
ALG12.112.1019618  Cliona celata complex
ALG12.113.1019525  Cliona celata complex
ALG12.114.1019900  Cliona celata complex
ALG12.115.1020456  Cliona celata complex
ALG12.90.1019650   Phorbas fictitius
ALG12.91.1020146   Phorbas fictitius
ALG12.92.1020337   Phorbas fictitius
ALG12.93.1019916   Phorbas fictitius
ALG12.94.1020032   Phorbas fictitius
ALG12.95.1019784   Phorbas fictitius
ALG12.96.1019911   Phorbas fictitius
ALG12.97.1020523   Phorbas fictitius
ALG12.98.1019513   Phorbas fictitius
ALG12.99.1020247   Cliona viridis

根据我的研究，没有直接的命令vegan，你能帮我吗？

我的想法是得到一张桌子，我得到这样的东西：

                     OTU Number     Sequence number
 Cliona viridis      xxx            yyy
 Phorbas fictitius   zzz            aaa

感谢所有的帮助！

安德烈

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与此同时，我设法得到了我想要的，加上一点 colSums 行：

(df<-merge dataset according to metadata...)

OTUs <- as.matrix(specnumber(df))
Seqs<-transform(df, sum=rowSums(df))
OTU_Seq_Table<-cbind(OTUs, Seqs$sum)
colnames(OTU_Seq_Table) <- c("OTUs", "Sequences")

sums_OTUSeqTable<-colSums(OTU_Seq_Table)
OTU_Seq_Table<-rbind(OTU_Seq_Table, sums_OTUSeqTable)
row.names(OTU_Seq_Table)[5]<-"Sums"

write.csv(OTU_Seq_Table, "OTU_Seq_Table_ALG.csv")
于 2015-06-05T11:33:13.417 回答