r - 在 R 中使用稀有曲线（）时出错

Question

我在社区数据上使用 vegan::rarecurve。

lac.com.data<-wisconsin(lac.com.data)
rarecurve(lac.com.data)

不幸的是，我遇到了一个错误，无法弄清楚如何解决它。

seq.default(1, tot[i], by = step) 中的错误：'by' 参数中的错误符号

我试过

 rarecurve(lac.com.data,step=1)

无济于事。

我已经生成了一个 tabasco() 图并在数据框上执行了 Wisconsin 标准化，没有任何问题。

Answer 1

没有可重复的例子。但是，您的用法是错误的。函数rarecurve需要计数的输入数据：它从每个采样单元（行）中对个体进行采样，因此您必须有关于个体的数据。该错误是由使用wisconsin(lac.com.data): after that all rowSums(lac.com.data)will be 引起的1，并且您的数据是非整数。您不能rarecurve用于wisconsin()转换后的数据或任何其他非整数数据。此处出现错误是因为估计的个体数量（全部为 1 的转换数据的 rowSums）低于物种数量（>1）。

显然我们需要检查输入rarecurve。我们假设人们会知道需要什么样的输入，但我们错了。