1

我目前拥有多个湖泊的物种丰度数据以及这些湖泊的一些环境变量的测量值。我决定对 R 中的数据进行规范对应分析，正如 ter Braak 和 Verdenschot (1995) 所证明的那样，请参阅链接：  http ://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00877430 （部分：“在重要性”）

我对 R 还不是很好，而且我没有访问文章中指定的软件（CANOCO）。我的问题是，为了逐步对环境变量的重要性进行排序，我必须获得 Lambda（这与 Wilk 的 Lambda 相同吗？）并在每个 CCA 约束轴上执行蒙特卡洛置换测试。 

有人知道我如何在 R 中做到这一点吗？我希望能够使用这种分析。

4

1 回答 1

2

如果您想在当前模型中测试效果，您需要vegan提供的anova()方法，即包中执行 CCA 的功能。有关详细信息，也许还有测试边际条款的选项，请参阅。cca()?anova.ccaby = "margin"

要进行逐步选择，您有两个选择

  1. 使用适用于 CCA 的类似 AIC 统计的标准step()函数，或
  2. 对于在那篇论文中完成并在 CANOCO 中实现的那种选择ordistep()。这会通过排列测试对模型进行前向选择和后向消除测试更改。

Lambda 常用于表示特征值，不是 Wilk 的 Lambda。伪 F 统计量将在论文中提到，它是在测试中计算的，并且它的排列给出了原假设下的抽样分布，这最终决定了模型中项的显着性或项是否进入或离开该模型。

有关?ordistep更多详细信息，请参阅。

于 2015-05-25T13:32:02.043 回答