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稀有曲线（）（）（vegan）是否接受绘图的标准误差？

如果是这样，我该如何绘制这样的曲线？

为此，我使用 BCI 数据集遵循经典脚本：

S <- specnumber(BCI)
(raremax <- min(rowSums(BCI)))
Srare <- rarefy(BCI, raremax)
plot(S, Srare, xlab = "Observed No. of Species", ylab = "Rarefied No. of Species")
abline(0, 1)
rarecurve(BCI, step = 20, sample = raremax, col = "blue", cex = 0.6)

从统计上讲，促进一项功能对大多数vegan用户都有帮助。

谢谢！安德烈

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rarecurve 不给你SE。原因很明显，并且已经给您了：没有多余的曲线就足够杂乱了。如果你真的想这样做，你必须手动进行。这并不太复杂，因为rarefy 函数接受向量样本大小并为您提供所需的所有数字。下面使用 Barro Colorado 数据集的一个站点绘制了一个基本图：

library(vegan)
data(BCI)
sum(BCI[1,]) # site 1, 448 tree stems
N <- seq(2, 448, by=8)
S <- rarefy(BCI[1,], N, se = TRUE)
plot(N, S[1,], type="l", lwd=3)
lines(N, S[1,] + 2*S[2,]) ## 2*SE is good enough for 95% CI
lines(N, S[1,] - 2*S[2,])

从统计学上讲，假设观察到的数据没有随机变化，这只会给您提供由二次抽样过程引起的误差。对我来说，这没有什么意义，我发现稀有 SE 具有误导性和意义。这并没有阻止我以素食主义者的形式提供它们。

于 2015-06-09T07:20:49.633 回答