0

我想在素食主义者中使用函数 ordihull 为我的协调绘制组。但是，我有一些网站只有一次出现。使用 ordihull 此站点不会出现在图中。请参见下面的示例，当只有一个站点有 BF 作为管理时。我想要的是一个 BF 标签，其中一个剩余的 BF 管理站点位于协调图中。

library(vegan)
data(dune)
data(dune.env)

#remove all but one row with BF as management
dune <- dune[-c(2,11),]
dune.env <- dune.env[-c(2,11),]

mod <- cca(dune ~ Management, dune.env)
attach(dune.env)
plot(mod, type="n", scaling = 3)
pl <- ordihull(mod, Management, scaling = 3, label = TRUE)
4

1 回答 1

1

orihull忽略具有单个观察的组，因此不会使用凸包的中心填充组质心对象。你可以说它应该；我需要和 Jari 一起解决这个问题，看看我们能不能解决这个问题。

text()要解决该问题，您必须使用该方法在第二步中添加单个观察的位置。[正确删除所有BF观察结果之一- -c(2,11)]以下内容可以满足您的要求：

plot(mod, type="n", scaling = 3)
with(dune.env, ordihull(mod, Management, scaling = 3, label = TRUE))
with(dune.env,
     text(mod, labels = Management, select = Management == "BF",
          scaling = 3, display = "sites"))

给予

在此处输入图像描述

这很简单，因为您可以指定select选择在一个观察值上绘制Management == "BF".

于 2015-05-28T17:25:45.483 回答