问题标签 [seurat]

我想制作一个闪亮的应用程序，用户可以在其中选择基因。然后他会看到这些基因的所有图。

选择部分工作正常（我认为）

现在我想将那些选定的基因绘制在侧边栏面板旁边：

seurat_genes是来自 Seurat 分析的数据，Seurat 是一个用于单细胞 RNA-seq 数据的库。因此，用户指定他想要查看的基因并FeaturePlot生成这些图。
FeaturePlot是 Seurat 的一个函数，它“根据‘特征’（即基因表达、PC 分数、检测到的基因数量等）为降维图上的单个细胞着色”

我对 R 非常陌生，尤其是 Shiny，所以请随时提出任何改进建议。

我有来自不同年龄和性别的人类数据。在使用integration with 之后seurat，我将如何在差异基因表达分析中最好地控制这些混杂因素。我在函数中看到了 latent.vars 的选项FindMarkers。我可以latent.vars = c("Age", "gender")同时考虑两者吗？还是我一次只能使用一个？

是否有替代软件包可以更好地进行测试？提前致谢！

我正在研究 Seurat 上的单细胞 rna-seq，我正在尝试在 Seurat 对象上创建一个 for() 循环，以绘制几个平均基因表达的热图。

ggsave 行不起作用，因为它将 i 作为 seurat 对象。因此我的问题是：如何让 ggsave() 使用存储在“i”中的我的 seurat 对象的名称？

我尝试了 substitute(i) 和 deparse(substitute(i)) 没有成功。

我有一个具有以下模式的文件列表： sampleid_samplename_counts.csv 表示计数矩阵，其中行中的单元名和列中的基因。

我正在尝试从这些文件中生成计数矩阵以加载到 Seurat 包中，该包需要列中的单元名和行中的基因。

我成功地获得了矩阵，其中 x 是所有 .csv 文件名的向量（我需要为对象创建一个新名称，因为我无法在循环中重新分配“i”）：

但是获得的矩阵没有列名（它被替换为 V1、V2、V3...）每个矩阵的第 1 行包含单元名。

以下是创建正确的列名：

但这在 for() 循环中不起作用。我怎样才能在初始或另一个循环中实现它？

编辑：

这是简单的 read.table 后原始 .csv 文件的样子：

这就是转置 t() 后的样子

我有许多从 GEO 下载的计数矩阵创建的 seurat 对象。我想对它们中的每一个使用 PercentageFeatureSet() 函数来计算 %MT。

我试过了 ：

但出现以下错误：get(i) <- vtmp中的错误：找不到函数“get<-”

如何在循环中使用 PercentageFeatureSet()？

以下命令集将打印一个格式适当的 pdf 文件，其中包含所表示的数据，这是Dimplot. 它运行正常，所有必需的包都可以正常加载。

那么，为什么这段代码会打印一个空的 pdf？

我能看到的唯一区别是打印绘图然后转动的命令dev.off()在函数调用中，但这为什么重要呢？我尝试使用相同的代码pdf()代替ggsave()，但结果相同（它打印一个 4kb）空 pdf 文件，而不是在函数调用外部打印命令时打印的 120kb pdf 文件。

我正在尝试从 Seurat 的聚类功能产生的聚类中创建一个层次聚类树。它们的函数 BuildClusterTree 和 PlotClusterTree 基于 SNN（共享最近邻）算法生成一棵丑陋的树，您无法使用 ggplot2 对其进行操作。我试图弄清楚如何使用其他函数来绘制 Seurat 已经生成的聚类，但我无法弄清楚 R 包如何或哪种效果最好。有人对我有什么建议吗？

我正在尝试在由各种数据集集成产生的 seurat 对象上运行 DoubletFinder。

Seurat 对象有 2 个分析：RNA 和集成。

集成的 seurat 对象已被完全处理：

• 归一化和 FindVariableFeature 预集成

• 集成对象上的 ScaleData、RunPCA、FindNeighbors、FindClusters、RunUMAP。

DoubletFinder 的 paramSweep_v3() 函数给出以下输出：

为什么这表明我的 Seurat 对象中没有插槽？

我是 R 的初学者，试图用 URD 分析我的 scRNA-seq 数据以绘制一棵树。为此，我想将我的 seurat 对象转换为 URD。所以我遵循了下面由 Jeff Farrell 编写的脚本。

但是，当我运行 seuratToURD 函数时，出现以下错误：

有没有人来解决这个问题？我迫切需要你的帮助！

谢谢！

有谁知道如何为集成的 Seurat 对象创建树状图。我可以为非集成对象执行此操作，但是当我尝试时：

我看到了错误：