r - 如何解释单细胞 RNA seq 数据差异基因表达中的两个协变量？

Question

我有来自不同年龄和性别的人类数据。在使用integration with 之后seurat，我将如何在差异基因表达分析中最好地控制这些混杂因素。我在函数中看到了 latent.vars 的选项FindMarkers。我可以latent.vars = c("Age", "gender")同时考虑两者吗？还是我一次只能使用一个？

是否有替代软件包可以更好地进行测试？提前致谢！

Answer 1

您可以使用该参数，但这意味着您正在转向基于 glm 的模型，而不是默认的 wilcoxon 测试。您也可以在帮助页面 ( ?FindMarkers) 中看到它：

latent.vars: Variables to test, used only when ‘test.use’ is one of
          'LR', 'negbinom', 'poisson', or 'MAST'

您可以在 GLMDETest 下查看源代码中如何调用 glm。基本上这两个协变量包含在 glm 中，以说明它们对因变量的影响。同样重要的是在这种情况下如何处理协变量年龄。它是分类的还是连续的..这可能会影响您的结果。