问题标签 [seurat]

我是 R 新手，正在尝试安装 Seurat 来分析我的基因组单细胞数据。我想使用 Seurat ( http://www.satijalab.org/install.html )，但是安装包有困难。我的操作顺序如下：

1. 安装 R（成功）

2. 从 Hadley Wickham 安装“devtools”包（成功）

（输入以下命令）：

3. 直接从 Github 安装 Seurat（不成功）：

（尝试输入以下命令）：

...当我尝试从 github 安装 Seurat 时，我收到以下错误消息：

下载 github repo satijalab/seurat@master library.dynam(lib, package, package.lib) 中的错误：找不到共享对象'stringi.so'

...我已经查看了这个论坛以及谷歌来解决这个问题，但是，我没有太多的运气。任何帮助将不胜感激！

谢谢你，马克

我正在使用一个称为Seurat单细胞 RNA-Seq 分析的 R 包。我想使用调用的包的一个函数ClassifyCells将有关我的各种单元格类型的信息添加到数据中。但是我很难在没有示例的情况下使语法正确。

以下是 ClassifyCells 的参数：

• 对象：Seurat训练分类器的对象
• 分类器：来自 的随机森林分类器BuildRFClassifier。如果未提供，它将根据提供的训练数据构建。
• training.genes ：用于构建分类器的基因向量
• training.classes：用于构建分类器的类向量
• new.data ：要分类的新数据
• ... 传递给 ranger 的附加参数

下面是 ClassifyCells 命令用法：

这是我的尝试：

也许我最困惑的是如何引用我想包含在分类中的单元格？我是否在 training.classes 部分中使用作为seurat对象导入的表中的列标题标签来执行此操作？

此代码返回以下错误：

（函数（类，fdef，mtable）中的错误：无法找到签名“data.frame”的函数“ClassifyCells”的继承方法</p>

谢谢你的帮助！

我正在使用一个名为“Seurat”的 R 包进行单细胞 RNA-Seq 分析。我正在尝试将有关单个细胞样本的元数据信息添加到 Seurat 对象。但是下游的绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后的 Seurat 对象以确认元数据已添加到正确的插槽和列中。

要添加元数据，我使用了以下命令。

首先，我从 Seurat 对象中提取单元格名称

然后我使用数字 1-3 创建了一个由形态确定的细胞类型的列表 注意：该列表要长得多，但在这里缩写为前 3 个

然后我将单元格和 MorphCellTypes 合并为一个 data.frame

然后我尝试使用以下成功运行的命令将此 MorphCellTypesDF 元数据添加到 seurat 对象

然后我尝试使用以下命令使用 TSNEPlot 将其可视化

这返回了以下错误：

所以我认为我要么将元数据添加到我的 seurat 对象中的错误位置，要么我以某种方式弄乱了 col.name。无论哪种方式，我似乎都错误地使用了 AddMetaData 或 TSNEPlot() 函数。如果您有任何机会发现错误或可以向我指出如何使用 AddMetaData 的示例，我们将不胜感激。

我正在 Rstudio 中编写一个 R 脚本，查看单个单元格数据并生成各种图表。我使用的包是ggplot2。当未加载 Seurat 库时，它会生成像这样的漂亮图形输出：

然后，当 Seurat 库被导入时，该图恢复为这种丑陋： 以下是 Seurat 引入的导入列表：

关于如何在不改变图形输出的情况下同时存在两个库的任何想法？

尝试过的解决方案：

• 尝试“分离（”包：Seurat“，卸载=真）”//在关闭和重新加载RStudio时没有恢复绘图并且不允许上游代码块提供ggplot2正常图形。

如果有人在 R 中使用 monocle 包有任何经验：

我正在尝试根据样本名称向量对我的数据进行子集化，但我无法完成它。

我努力了：

但我收到此错误：

替换有661行，数据有5809

我试图子集的对象是由 importCDS 函数从 Seurat 对象创建的单元数据集 (CDS)。

我还为每个名为“CellType”的样本分配了一个 Cell Type，它是 Seurat 对象的 meta.data 的一部分，在转换为 CDS 后列在 phenoData 的 varLabels 插槽下。

我想根据这些变量中的任何一个来帮助子集，谢谢。

运行以下代码，我得到 15 个具有 tSNE 的集群，但是当我按集群（即身份）去颜色时，我最多只能得到 8 种颜色。

这是一个问题，因为创建的 3D tSNE 图具有相同颜色的不同簇。

是否有使用更多颜色（15）的不同方式，以便每个集群都有自己的颜色？谢谢。

我正在使用一个名为“Seurat”的 R 包进行单细胞 RNA-Seq 分析，并且我正在尝试从插槽名称“数据”中删除 seuratobject（s4 类）中的几个基因。此对象中还有几个槽，用于存储与槽“数据”相关的信息。插槽“数据”在行中具有基因名称，在列中具有单元 ID，其中基因的表达式值对应于矩阵中的每个单元。我想根据唯一的基因名称删除整行，但将结果保留在对象中。

例子：

我想删除矩阵中的行 GeneA。

我尝试了以下但得到错误： -

和

我又一次在我的 snakemake 工作流程中遇到了一个对我来说没有任何意义的错误。

这是我得到的错误：

这是有问题的规则：

在这里，我们有仍在执行的 R 脚本的顶部：

这些是 R 脚本中不再执行的以下行：

因为我记录了可用的包，所以我知道应该加载的三个包也已安装，因此它不应该因此而失败。事实上，注释掉这些行并没有改变任何东西，脚本仍然会中断，并且应该在加载包后立即出现的日志消息不会写入日志文件。

最后，这是我用来运行snakemake的命令：

有人知道错误消息可能意味着什么吗？unused argumentsnakemake R 对象的属性很奇怪，因为我稍后在脚本中调用了多个参数。

更奇怪的是，我有另一个 R 脚本，它适用于不同的包，但第一行非常相似，运行良好。我记得一开始我对该脚本有同样的问题（同样的错误消息），但不记得我是如何解决的。

任何帮助都将不胜感激。

每当我尝试加载如下库时：

我收到以下错误消息：

我正在使用我没有管理员权限的服务器，因此不能选择增加 DLL 的最大数量。

如何删除不需要的 DLL？

我试过了：

无济于事。

我想列出对象并从所有对象中构建一个对象。实际用例是将多个 Seurat 对象组合成一个对象。目前我使用 for 循环，但是，我很好奇是否可以使用 purrr::map。为了使问题更简单，我们只连接列表的一部分。尽量不要对结果太可爱，因为我真正的问题更难（更复杂的功能）。

期望的结果将是“这是期望的结果”。

给

[[1]] [1] “这个”

[[2]] [1] “是”

[[3]] [1] “这个”

[[4]] [1] “想要的结果”

我想保存上一次迭代的结果并将其作为参数添加到函数中。

基本上我想用函数替换以下行。