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我试图重复调用一个函数（特别是 Seurat::DimPlot），其中一个参数是一个命名列表（cells.highlight）。我打算用purrr::imap做打电话。我有一个命名列表，其中列表的每个元素都是一个字符向量。我想为 Seurat::DimPlot 的 cells.highlight 参数创建列表。当我尝试

该图看起来不错，但不是将变量 .y 替换为列表元素名称，而是将列表元素名称保留为“.y”。（所以在图例中我看到“.y”）。制作 SSCE

我希望它在哪里

我尝试过使用 enquo、as_name、使用 ':='、ensym、quote，但我似乎无法做到正确。我知道你可以用 list[[name]]=... 之类的东西把它分成两行，但因为这是一个更大问题的一部分，我很想学习如何适当地引用和取消引用变量名。

我一直在使用 NSE 时遇到问题，即使在阅读、重新阅读和重新阅读 Hadley Wickhams 的 Advanced-R关于准引用的章节和他的关于评估的章节之后，但似乎所有的部分都在那里，我只是可以不把它们放在一起

我正在尝试在 RStudio 中运行 Seurat 管道（Windows 10，这需要安装 python 库“umap-learn”（Seurat 演练：https ://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html ）。

要安装所述库，我以以下方式在 R 中使用网状库：

我收到以下错误：

我已经尝试了几乎所有我能想到的：

• 直接为 py_install 提供 python 的路径
• 卸载/重新安装 RStudio
• 卸载/重新安装 Anaconda
• 尝试将 Anaconda 添加到系统路径
• 使用 Reticulate 的 devtools 版本
• 使用 use_python 函数：use_python("C://Users/lvlah/Anaconda3/python.exe")

我对此束手无策——我的同事都没有遇到过这个问题。任何帮助，将不胜感激。

我正在使用Seurat并尝试分析从 GEO 安装的数据集。但我收到以下错误。

我正在尝试使用 R 和 tSNE 图Seurat，但我收到了关于CreateSeuratObject.

我收到一条错误消息： In storage.mode(from) <- "double" : NAs 由强制引入。请告诉我如何工作。

我有一个 Seurat R 对象。我只想选择与特定样本对应的数据。因此，我只想获取包含特定字符的行名。我的行名差异示例：CTAAGCTT-1 和 CGTAAAT-2。我想根据 1 和 2 进行区分。下面的代码显示了我已经尝试过的内容。但它只返回总行数。不是有多少行与字符匹配。

或者

感谢您的任何意见。

我有一个表示细胞层次聚类的数据框（来自 Seurat）。每个单元都属于一个组。我想在树状图中绘制一个饼图，显示树中每个分支的不同组的比例。如果我只在最后一级聚类中需要饼图，但我在分支/节点中需要它，我发现了如何做到这一点。

我试图从以下包中获取树状图中节点的坐标，但没有成功：https ://cran.r-project.org/web/packages/clustree/vignettes/clustree.html

感谢您的帮助！

目前，我正在编写一个在 R 中使用三嵌套循环的函数；但是，它似乎有一些奇怪的行为。我注意到以下问题：

1）基因似乎没有在循环结束时将基因附加到gene.out，我从gene.out得到的列表是gene.use。

2) cond 仅重复（即 22_22、35_35 等）

据我所知，这些事情都不应该在第三个循环中发生。这是一些奇怪的 R 循环行为还是编码错误？

这是有问题的代码：

编辑：

忘了包括，当我在 i 循环中执行 print(paste("i: ", i) 和 print(paste("j: ", j)) 时，我得到：

我：组1
我：组2
我：组3
j：组1
j：组2
j： 组3

来自https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html的玩具套装数据：

谢谢阅读！

首先，我是 rpy2 / jupyter 的新手，所以如果这不是问我问题的正确地方，请不要评判我。

我正在尝试使用 R 和 Python 设置用于数据分析的集成工作流，但遇到以下错误：

我在 Ubuntu 19.04 上。使用 Jupyter 1.0.0、Python 3.7.4、R 3.5.1、r-irkernel 1.0.2 和 rpy2 3.1.0 运行 conda 环境，我通过 R 安装了 R-package Seurat。

当我使用 R 内核创建 Jupyter 笔记本时，我可以library(Seurat)很好地加载 Seurat。

我还可以使用 rpy2 和 rmagic 在 python 中使用 R 代码，例如：

但是，当我尝试使用 rpy2 加载 Seurat 时，内核崩溃：

我收到以下消息：

内核重新​​启动
内核似乎已经死机。它会自动重启

Jupyter 在命令行中给出以下消息：

library(dplyr)请注意，使用 rpy2 可以很好地加载其他库，例如加载。

我完整的 conda 环境可以在附加的文本文件中找到。

我似乎无法弄清楚是什么导致了问题。有没有办法从 Jupyter 获得更详细的错误消息？

您的帮助将不胜感激！

问候菲利克斯

我在 RStudio 中运行 Seurat V3 并尝试在新的子集对象上运行 PCA。作为该过程的一部分，我正在使用以下命令：

第一个过程似乎有效，但我不确定它是否真的有效，如果是这样，我是否需要在第二个命令中指定“功能”应该引用这些功能。无论哪种方式，每次我尝试运行第二个命令时，都会产生此错误以及三个警告消息：

有谁知道为什么会产生这些错误/警告？我尝试将输出强制FindVariableFeatures为向量和数据框，但无济于事。我还想问：在从较大的数据集子集新数据集后，我是否需要重新运行 FindVariableFeatures？

对于这个可能非常基本的问题，我深表歉意，但我无法弄清楚：

我有一个带有 20 组不同单元格的 Seurat 对象（所有单元格都在元数据中定义并设置为active.ident）。其中 10 个是“已处理”，10 个是“未处理”（此信息也在元数据中）。

R 修拉包

我正在尝试制作一次突出显示 1 组的 DimPlot，但“处理”和“未处理”的颜色应该不同。

我的工作代码以相同的颜色突出显示“处理过的”和“未处理过的”：

正确的方法是什么？

任何建议都非常感谢！

我想从我的单细胞数据中绘制小提琴图。

我正在使用这个功能：

但我想将 y 轴更改为 3000-10000 而不是 0-70000。

他们只建议改变 y 最大值而不是平均值

有人知道怎么做吗？