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我正在使用Seurat并尝试分析从 GEO 安装的数据集。但我收到以下错误。

我正在尝试使用 R 和 tSNE 图Seurat，但我收到了关于CreateSeuratObject.

library(dplyr)
library(Seurat)
library(ggplot2)
cancer.rna <- read.csv2(file = "/Users/desktop/GSE84133/GSM2230757_human1_umifm_countsnew3.csv", sep = ",",header = TRUE, row.names = NULL)
dim(cancer.rna)
[1] 16381  1651
cancer.rna[1:5, 1:5]
       X TGCCTCAC.TGGGATTC AGAGACTA.GATTGCGA GAGGGAGGTA.GAAGGCTT GAGAGAGTAT.CCTATTCA
1   A1BG                 0                 0                   0                   0
2   A1CF                 0                 0                   0                   2
3    A2M                 4                 0                   0                   0
4  A2ML1                 0                 0                   0                   0
5 A4GALT                 0                 0                   0                   0
cancer <- CreateSeuratObject(counts = cancer.rna, project = "GSE84133", min.cells = 3,  min.features = 200) 
Warning message:
In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion

我收到一条错误消息： In storage.mode(from) <- "double" : NAs 由强制引入。请告诉我如何工作。

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1 回答 1

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这是因为函数read.table未指定列名，并且CreateSeuratObject训练计算名称为 X 的列的平均值。只需row.names = 1在read.table, 中设置以指向名称列。

于 2019-08-31T20:02:18.957 回答