1

对于这个可能非常基本的问题，我深表歉意，但我无法弄清楚：

我有一个带有 20 组不同单元格的 Seurat 对象（所有单元格都在元数据中定义并设置为active.ident）。其中 10 个是“已处理”，10 个是“未处理”（此信息也在元数据中）。

R 修拉包

我正在尝试制作一次突出显示 1 组的 DimPlot，但“处理”和“未处理”的颜色应该不同。

我的工作代码以相同的颜色突出显示“处理过的”和“未处理过的”：

DimPlot(integrated, label = T, group.by = "Treat", 
        cells.highlight = WhichCells(integrated, 
                                     idents = c("group1_untreated", "group1_treated")), 
        cols.highlight = c("darkblue", "darkred"), cols = "grey")

正确的方法是什么？

任何建议都非常感谢！

4

1 回答 1

0

您可以从 Seurat 对象中提取 UMAP 坐标并用于ggplot实现此目的。

library(tidyverse)

umap_tx = integrated@reductions$umap@cell.embeddings %>% 
as.data.frame() %>% cbind(tx = so@meta.data$Treat)

ggplot(umap_tx, aes(x=UMAP_1, y=UMAP_2, color=tx)) + geom_point() + 
scale_color_manual(values=c("group1_untreated" = "darkblue", 
                            "group1_treated" = "darkred"))
于 2020-01-09T22:03:02.100 回答