问题标签 [rna-seq]

我对 HPC 和 Google Cloud 完全陌生（我刚刚注册了一个试用帐户）。

我的想法是执行 RNAseq 分析（9 个样本配对，18 个 fastQ 文件），主要是我想执行 FastQC 和尝试不同对齐的映射。下载 Bam 文件，然后在家中使用我的计算机继续操作。

首先，我生成了一个具有 8 个 vCPU 和它们允许我的最大内存的实例，我选择了 Ubuntu 18.04。

然后我去了基因组学 API，第一个错误出现了：

未找到服务名称的 API 解决方案：基因组学

我怎样才能进步？在试用期内可以做我想做的事吗？

问候，费尔

我正在尝试在 Linux (CentOS) 集群上运行 rMATS。在这个系统上，我没有 root 访问权限。conda install我使用 anaconda包管理器安装了几个 rMATS 依赖包。

rMATS 无法访问libblas.so.3系统上的共享库并抛出错误rMATSexe: error while loading shared libraries: libblas.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

虽然我已经libblas.so.3在我的系统上找到了这个库，但我/Users/paul/anaconda3/pkgs/lapack-3.6.1-1/lib/libblas.so.3不确定如何让它作为“共享库”被 rMATS 软件访问。

我试过export LD_LIBRARY_PATH=/Users/ranum/anaconda3/pkgs/lapack-3.6.1-1/lib/libblas.so.3了，但这没有用。

我可以把这个 libblas.so.3 库放在哪里，以便系统可以找到它？

我对 kallisto 和 sleuth 还很陌生，但是感谢在线信息，我得到了 RNA-seq 分析的结果。我正在关注这个管道https://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.html来查看不同的基因表达。

现在我正在尝试运行plot_bootstrap功能

在网络示例中说：

plot_bootstrap(so, "ENST00000263734", units = "est_counts", color_by = "condition")

在我的情况下，最表达的成绩单被称为TRINITY_DN3505_c0_g1_i5，我的因素是“季节”。然后我尝试了：

但我得到了错误：

obj$bs_quants[[1]] 中的错误：下标越界

你能帮我理解这个错误的含义吗？我正在阅读有关此错误的其他帖子，这似乎意味着您正在调用不存在的东西......但我不明白，因为在我的情况下，成绩单的名称是正确的，而且名称也是正确的的因素......两者都存在。所以……我不知道。

任何建议都会有所帮助。

我有许多相同长度的 rna 序列。现在我想创建一个函数，它会给我一行模棱两可的 rna 作为输出。到目前为止，我没有找到任何关于在线编写模棱两可序列的有用信息。

我想过使用这样的字典：

我不知道如何以正确的方式使用它，因为我是初学者。

在命令行中运行 GSEA 时出现问题：

错误是：

我的命令行是：

我真的不知道如何解决这个问题，欢迎任何建议和评论。

谢谢

我在我的 RNAseq 中使用来自 Phytozome 的 Sorghum ID。我想通过 cytoscape 为特定基因列表创建基因网络。不幸的是，我无法使用字符串或其他工具，因为我从 Phytozome 12 中使用的基因 id 无法识别。所以我的问题是如何克服这个问题并为我的基因列表创建节点和边？？？提前致谢。

我已经量化了 Salmon 的基因表达，它给了我 Ensembl 转录本，我将 Ensembl 转录本转换为基因符号，但对于某些基因，我有多个转录本；我如何将读取计数折叠到基因，我尝试tximport了 package，但我发现这太难了，因为我的注释不同。

已编辑

这是 Salmon 读取计数的输出

https://www.dropbox.com/s/7bkril0v6sw7v9z/Salmon_output.txt?dl=0

这是我将 Salmon 输出中的转录本 id 转换为基因名称的时候

https://www.dropbox.com/s/m1iybfbu2i4bb39/Converting_transcript_id_to_gene_id.txt?dl=0

我想用snakemake来写我的RNA-seq管道，但它总是报同样的错误。这让我很恼火！

以下显示了当前文件夹中的整个文件。

Snakefile 中有我的全部内容

当我使用命令“snakemake -np”来dry_run它时，我希望它可以顺利运行，但它总是报同样的错误：

第6行是

我不知道它有什么问题。整天烦我！希望有人可以帮助我。谢谢提前！

我总是在我的 RNAs-seq 管道中通过 snakemake 得到相同的错误报告：

这是我的蛇文件：

一切都很好，直到我添加“规则 sort2bam”部分。

当我试运行时，一切正常。但是当我执行它时，它会报告问题描述的错误。令人惊讶的是，它运行报告它卡在后台的任务。但它总是运行一个任务。像这些：

我不知道我的代码有什么问题？有什么理想吗？提前致谢！

我正在使用 Snakemake 编写我的 RNA-seq 管道。当我编写rule fpkm从 bam 文件计算 fpkm 值的最后一部分时，我收到错误消息：

这是我的蛇文件：

这是我的目录结构：

在我添加“规则 fpkm”部分之前，当我运行 Snakefile 时，bam 文件就已经存在。