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我对 kallisto 和 sleuth 还很陌生，但是感谢在线信息，我得到了 RNA-seq 分析的结果。我正在关注这个管道https://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.html来查看不同的基因表达。

现在我正在尝试运行plot_bootstrap功能

在网络示例中说：

plot_bootstrap(so, "ENST00000263734", units = "est_counts", color_by = "condition")

在我的情况下，最表达的成绩单被称为TRINITY_DN3505_c0_g1_i5，我的因素是“季节”。然后我尝试了：

plot_bootstrap(so, "TRINITY_DN3505_c0_g1_i5", units = "est_counts", color_by = "season")

但我得到了错误：

obj$bs_quants[[1]] 中的错误：下标越界

你能帮我理解这个错误的含义吗？我正在阅读有关此错误的其他帖子，这似乎意味着您正在调用不存在的东西......但我不明白，因为在我的情况下，成绩单的名称是正确的，而且名称也是正确的的因素......两者都存在。所以……我不知道。

任何建议都会有所帮助。

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我在 sleuth_prep 函数中得到了答案。

extra_bootstrap_summary：如果为真，计算估计计数的额外汇总统计。这对于典型的分析是不必要的；它仅对某些图（例如 plot_bootstrap）需要。默认为假。

因此，如果您想查看 plot_bootstrap，则必须添加 extra_bootstrap_summary=T。就像我的情况一样 <- sleuth_prep(s2c, ~ , extra_bootstrap_summary=T) 然后这个工作 plot_bootstrap(so, "TRINITY_DN3505_c0_g1_i5", units = "est_counts", color_by = "season")

于 2018-11-14T13:51:07.000 回答