cytoscape - 如何使用来自 Phytozome 的基因 id 为高粱基因列表创建节点和边

Question

我在我的 RNAseq 中使用来自 Phytozome 的 Sorghum ID。我想通过 cytoscape 为特定基因列表创建基因网络。不幸的是，我无法使用字符串或其他工具，因为我从 Phytozome 12 中使用的基因 id 无法识别。所以我的问题是如何克服这个问题并为我的基因列表创建节点和边？？？提前致谢。

Answer 1

我不确定您使用的是哪个 ID。Phytozome 成绩单名称（例如 Sobic.008G038200.1）不起作用，但我能够让“Sb”符号在 String 中正常工作。您也可以尝试映射到基因符号（例如 Sb08g003290 的 ACR4）。除此之外，您只需要在成绩单名称和更常见的标识符（例如 Ensembl 或 Entrez）之间进行映射。

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