问题标签 [cytoscape]

我使用 Cytoscape Web 生成基因图谱。它需要字符串来绘制，而且我有 XGMML 文件，所以我使用 JQuery 来获取 XGMML 文件并将它们转换为字符串。这是我的代码：

它在 IE 上完美运行，但是当我尝试其他浏览器时，我什么也得不到。我试图通过警报（数据）找出问题所在；除 IE 外，我得到所有浏览器的空警报框。

有任何想法吗？

我想使用 networkx 为图形生成布局。是否可以将此布局转移到cytoscape并在那里绘制？我试图简单地将图表写为

但是这些都没有在 cytoscape 中读取。我不确定如何以可以包含位置的格式传输图表。

首先让我说我不是一个非常有经验的程序员，如果您能完全指定您可能会跳过提及的任何步骤，我将不胜感激。

我目前处于 Cytoscape 插件开发的初始阶段，我在 Eclipse 中创建了一个 java 项目并完成了以下操作

1. 我已将 cytoscape.jar 添加为外部库

2. 我在“程序参数”下的参数选项卡中添加了“-p C:\Program Files\Cytoscape_v2.8.1\plugins”

当我尝试运行插件时，它会加载 cytoscape 但没有安装任何插件（插件管理器中的 0 个插件）此外，它还具有缩减的菜单选项（无法导入某些文件，这些选项不再存在）

我怀疑这是因为我需要包含更多的 jar 文件作为外部库，但是我不确定是哪些。

我正在使用 Eclipse Indigo 和 Cytoscape 2.8.1。

我不认为插件代码有问题，因为我使用现有插件的源代码作为测试插件。

感谢您的耐心和时间。

顺从

PS：我已经看过以下内容但没有取得多大成功 http://cytoscape.wodaklab.org/wiki/SettingUpEclipseForPluginDevelopment

过去，我使用 graphviz 的节点“label”、“URL”（或“href”）和“tooltip”属性来生成 SVG 图形，其中节点具有文​​本标签，鼠标悬停显示工具提示，然后单击节点（假设您的浏览器正在显示 svg）将您带到 URL 目标（并且所有这些字符串都可以不同）。

现在我正试图在 Cytoscape 中生成同样的东西。导出 svg 效果很好，但节点到外部 URL 的链接似乎都与 Cytoscape 的“链接输出”功能相关联；虽然这在您实际使用Cytoscape 时似乎非常强大，但我不清楚是否有某种方法可以让它在导出的 SVG 中生成可点击的节点或标签（我愿意接受）。我要链接到的 URL 是我导入的图形的节点属性。

Cytoscape 中是否缺少我会在导出的 SVG 中创建链接的东西？对替代方法有什么建议吗？例如，某种使标签成为任意 HTML 的方法，包括<a href=...>...</a>？

我的“计划 B”是对导出的 SVG 进行后处理，但让 Cytoscape 完成这一切会更好。

我正在使用 lxml (2.2.8) 创建和写出一些 XML（特别是 XGMML）。将要阅读它的应用程序显然相当繁琐，并且希望看到一个顶级元素：

如何xmlns:使用 lxml 设置这些属性？如果我尝试明显

lxml 抛出一个ValueError: Invalid attribute name u'xmlns:dc'

过去，我曾大量使用 XML 和 lxml 来处理简单的事情，但到目前为止，我设法避免需要了解有关名称空间的任何信息。

我正在尝试在节点的属性之一中使用带引号的文本：

然后为每个节点制作监听器：

但是在单击带有引用文本的节点时出现“意外令牌非法”错误。我应该如何筛选那里的报价？

我对 R 比较陌生，正在尝试解决以下问题：

我在带有 32 位版本 R 的 Windows 7 Enterprise 平台上工作，并且我的机器上有大约 3GB 的 RAM。我有大规模的社交网络数据（大约 7,000 个顶点和大约 30,000 个边），这些数据当前存储在我的 SQL 数据库中。我设法将这些数据（省略顶点和边缘属性）拉入 R 数据框，然后拉入 igraph 对象。为了进一步分析和可视化，我现在想使用 RCytoscape 将此 igraph 推送到 Cytoscape 中。目前，我的方法是将 igraph 对象转换为 graphNEL 对象，因为 RCytoscape 似乎适用于这种对象类型。（igraph 绘图功能太慢，缺乏进一步的分析功能。）

不幸的是，我在运行这个脚本时总是遇到内存问题。不过，它以前曾与较小的网络合作过。

有谁知道如何解决这个问题？或者你能推荐任何其他与 R 配合得很好并且可以处理如此大规模数据的可视化和分析工具吗？

任何帮助将非常感激。提前非常感谢！

最好的，伊格纳西奥

我尝试使用 RCytoscape 包将网络从 R 导出到 cytoscape。我试图遵循文档但失败了。以下是我使用的命令：

而不是导入 42 个顶点和 78 条边，它只导入文档中显示的这三个边和节点。我没有意识到 whee 犯了错误。

我有以下问题

WGCNA - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/

处理第 1.6 节，将网络导出到外部软件 (Cytoscape)

我目前正在尝试对一组基因执行 WGCNA，但我无法获得每个模块的 top x hub 基因。我正在尝试将网络导出到 Cytoscape，并使用与导出到 VisANT 概述的相同方法来获取 top x hub 基因。

我写了一个短循环来计算每个基因的连接数，它按预期工作，但第 x 个基因始终有零连接。假设 x 为 30。如果我将截止值增加到 31 个中心基因，则第 30 个基因现在显示与网络中其他基因的连接，但第 31 个基因没有显示任何内容。此外，这种变化增加并减少了与网络中其他基因的一些连接数。这真的让我很困扰，因为应该只添加连接，因为网络变大了一个基因，而变化应该由第 30 个基因来解释，但输出的情况并非如此。

循环似乎按预期工作，所以我认为问题出在网络建设上。我目前正在回顾我对线性代数、矩阵和拓扑的了解，以尝试查看问题是否在于它们的排序方式或类似的方式，但这可能只是 exportNetworkToCytoscape() 函数的方式作品。

我有大约 100 个 *.xgmml 文件，每个文件都指定了一个不同的网络。如何通过 Cytoscape 为每个输入文件自动生成 PNG 图像文件的过程？

（Cytoscape 命令行选项包括一些用于加载文件的选项，但我没有看到任何用于将网络导出为图像文件的选项。）