问题标签 [cytoscape]

我一直在尝试将一些附加属性解析到 networkx gml 以供以后使用，但我遇到了一个问题。

当从 Cytoscape 给定一个 gml 文件时，networkx 会输出一个它自己无法读取的 gml 文件。

即 Cytoscape -> 进入 networkx -> 输出 -> 进入 networkx -> 错误：

现在该错误在节点之后请求额外的 ] （也就是使图形忽略边缘），如果您这样做，则图形可以工作。但是，它不再有任何边缘。

为了完全测试这一点，我在完全不更改代码的情况下执行了“Cytoscape -> Into networkx -> Output”，只是：

然后读入：

并且错误仍然是可重现的。所以我认为这与networkx如何编写gml文件有关。

我正在使用的两个文件是：

• 来自 Cytoscape 的原创作品
• 网络x输出

如果有人可以深入了解为什么会发生这种情况，将不胜感激！

有人可以就如何从 loadContent() 将以下内容加载到 webviewer 提供一些建议吗？

http://jsbin.com/aqupun/6/edit

我试图做这样的事情，但它似乎不起作用。谢谢！

我的任务是将Cytoscape的插件（一个生物可视化软件平台）更新到最新版本的 Cytoscape API。Cytoscape 3.x 使用 OSGI 框架（我认为是 Karaf 2.2.x）与其插件（现在称为“应用程序”）进行交互。

问题在于插件/应用程序使用 JAX-WS 与外部服务器通信，而 JAX-WS 在 OSGI 环境中加载类似乎存在问题。

这是有问题的代码片段：

这是由此产生的异常：

我可以确认此代码在 OSGI 之外确实有效。

有什么建议么？我尝试过使用 将 JAX-WS API 和/或实现类直接嵌入到包中Embed-Dependency，但这没有帮助。我也尝试过使用org.osgi.framework.system.packages.extraandorg.osgi.framework.bootdelegation属性，但无济于事。不过，我可能做错了什么。

我担心 OSGI 可能与用于创建该标头的反射 API 存在一些根本不兼容。但是在这种环境下运行 Web 服务客户端肯定不是不可能的，对吧？

我使用内置导出器从 Cytoscape 3.1 BETA 3 将蛋白质-蛋白质网络导出到 JSON ( cyjs ) 文件。我尝试使用 Cytoscape.js 库将此cyjs文件导入 Web 应用程序，但失败了。

我昨天在这里阅读了 gcpdev 提出的问题（Exporting and importing JSON data to Cytoscape.js），但这对我没有帮助。

导入的 JavaScript 库：jQuery-1.11、Cytoscape.js、Arbor、Arbor-tween。我的代码是：

我总是在 Chrome 控制台上收到这样的错误消息：

其中index.html是我的文件，而 line:38 是：

我收到与更改相同的错误消息。如果我添加一些样式和基本节点和边缘，也不起作用，也$.parseJSON()不起作用。

我试图将此行更改为cy.add( json );结果与上面提到的问题相同：

当我尝试向控制台显示 JSON 信息时，就像console.log( json );它正常工作一样。

我的脚本有什么问题？我应该怎么办？

我的任务是更新Cytoscape的插件，一个生物可视化软件平台，到最新版本的 Cytoscape API。Cytoscape 3.x 使用 OSGI 框架（我认为是 Karaf 2.2.x）与其插件（现在称为“应用程序”）进行交互。

插件/应用程序实际上是一个使用 JAX-WS 与外部服务器通信的客户端。但是由于某种原因，尽管没有任何错误消息，但它无法解组它收到的 SOAP 消息。所需的对象是使用默认构造函数创建的，但它们的字段保持为空。

我可以确认 XML确实是从服务器到达的。我还可以确认相同的代码在非 OSGI 环境中也能正常工作。此外，为 OSGI 和非 OSGI 版本启用jaxb.debugJVM 选项表明 JAXB 在这两种情况下似乎在幕后做着完全相同的事情。

所以，我不知道这里发生了什么。有任何想法吗？

更新：

经过进一步调查，我确定该问题可能与 JAX-WS 没有任何直接关系。我将来自 Web 服务的 SOAP 消息作为 XML 文件保存在我的硬盘上。尝试直接解组它，根本不接触 Web 服务，导致以下情况：

再一次，同样的代码在独立的非 OSGI 环境中运行良好。很奇怪。

我正在为 Cytoscape 3 开发一个捆绑应用程序。在这个应用程序中，我需要一个与内置View > Arrange Network Windows > Grid或 Ctrl+G 非常相似的功能。

但是，我似乎在 Cytoscape 的 API 中找不到任何可以让我安排网络窗口的东西。

内置功能背后的源代码可以在这里找到：https ://github.com/cytoscape/cytoscape-impl/blob/cbd6ae7202a2137d0224862aa371b82c1ec9a7a7/swing-application-impl/src/main/java/org/cytoscape/internal/查看/CyDesktopManager.java#L81

如您所见，我需要对 JDesktopPane 的引用，如何通过 API 获得它？

我正在寻找一个使用 Primefaces 在 web 应用程序中使用 cytoscape.js 创建的简单图形的示例（完整的 xhtml）。现在，我不确定如何将 jquery 与 primefaces 集成。

环境：Windows 7，R 3.1.0

我们的公司代理阻止了同一台机器上程序的进程间通信（例如 R <-> Cytoscape）。如果我隐藏代理（例如避免使用 internet2 库并删除 Windows 7 环境变量）然后启动 R，则通信工作正常。控制防火墙的人不愿意重写允许此流量通过的规则。

R 中是否有任何简单的机制可以在同一会话中根据需要打开和关闭代理？例如，

• 启动 R 并开启代理，
• 做一些更新，从 KEGG 中获取一些数据
• 启动 Cytoscape
• 关闭代理
• 使用 RCytoscape 驱动 Cytoscape
• 开启代理
• 等等。

我将教一些生物学家使用它，所以它必须非常简单。他们对 R 的现状并不满意。

我在 BioStar 和 Cross Validated 提出了这个问题，但它不符合他们的问题格式，因为它与软件的使用有关，所以我在这里发布问题，希望有人可以帮助我或建议我如何获得帮助在这个问题上：

我正在尝试将 Sirene 用于表达数据的基因调控网络推理，因为它是一个受监督的推理程序，并且看起来简单易懂。也有好评。我似乎在从 Sirene 生成 Cytoscape 文件时遇到了一些问题，因此我无法查看网络。我是 MATLAB 新手，我的部门不支持 MATLAB，因此我无法确定是什么原因造成的。如果有人可以帮助我，我将不胜感激。我知道这看起来很奇怪，但我一直在向作者发送有关该程序的电子邮件，但还没有收到他们的消息，现在已经好几个月了。

我感到很失落，无法从任何地方获得帮助，因为似乎很少有人知道这个程序。但正如本文所指出的，关于这个程序的评论非常好：

http://genomemedicine.com/content/4/5/41

我将在这里详细写下所有内容：

我已经下载了 Sirene：http ://cbio.ensmp.fr/sirene/ ​</p>

我正在使用 MATLAB 7.10.0 (R2010a)，编译器：Microsoft Visual C++ 2010 Express，libsvm-3.18

该程序附带 E.Coli 的测试数据，在 data>ecoli 文件夹中有表达、基因名称、操作子组和调控文件。然后在结果文件夹中，有一个名为 ecoli 的文件夹，其中包含一个名为 runexperiment_libsvm 的 MATLAB 代码文件。首先，我想在给定的 ecoli 数据集上测试程序。所以我将这个 runexperimnet_libsvm 文件中的文件位置更改为我保存它们的位置，现在一切都在路径上。然后我只需在 matlab 中运行这个文件，它就会开始计算和打印很多次：

除此之外，在计算过程中，它会绘制许多图形，例如 roc、auc、aup 图。它还编写了一个名为 cytofile60.txt 的文本文件，但它始终为空，另一个名为 nb_new_pred.txt 的文本文件仅显示一行 ---> 警告：未达到 60% 的精度级别。

我不明白为什么会这样。这可能是我对 MATLAB 的有限了解导致了这种情况，但我更希望它至少会给我提供程序附带的测试数据的 cytoscape 文件，因为所有参数都将针对该数据集进行优化。我需要额外的命令来将网络写入 cytoscape 文件吗？因为我认为所有内容都已经写在 runexperiment_libsvm.m 文件中，而要做的就是提供数据文件的路径，这就是我所做的。

如果有人可以帮助我，我将不胜感激。

编辑：运行不需要太多时间，而且速度很快。如果某些 MATLAB 大师可以在给定的数据上快速测试运行它（您不必从任何地方下载，并且所有内容都已经在 Sirene 的 zip 文件夹中），它真的会帮助我。

非常感谢！！！

我有几个复合节点（A 包含 B，B 包含 C），我想选择叶节点 (C)。怎么做？

谢谢！