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我想做 Cytoscape 简单的应用程序（它就像一个插件程序）。

所以我应该制作一个.jar文件，并将其安装在 Cytoscape 程序中。

我的问题如下：

我给你看2个案例。

有 6 个类（A、B、C、D、E、F）和 2 个 .jar 文件（代表其他 API）

A（CytoscapeLeapMotionApp）是主类（实际上它不包括main方法，但它是安装App时运行的第一个类）。

C,E 是我制作的课程。

B、D 在 1.jar 中。

F(Listener) 在 2.jar(leap) 中。

• 情况1

  A 扩展 B

  C 实例在 A 创建

  C 扩展 D

  E 实例在 C 创建

  E 扩展 F

结果：

• 案例2

  A 扩展 B

  C 实例在 A 创建

  C 扩展 D

  F实例在C创建

结果：

很好，没有错误！

以下是 E 扩展 F

cytoscape js我可以使用库创建图表。我正在关注本教程，我是这样实现的。

代码：

在我的实现中，我需要突出显示节点 d 和 g 之间的路径。

如何找到节点之间的路径并突出显示它们？

我刚刚修改了 cytoscape.js（“Animated BFS”）中的一个示例并添加了一些节点：

这是我获得的结果图（手动策划）：） 所以我只想选择例如节点“a”（通过单击它或通过用户输入并将其保存在变量中）并且所有子节点都应该保留显示，但所有其他应暂时消失。剩下这样的照片：

在 Cytoscape.js 我怎么能这样做：

1. 选择节点“a”并让所有子节点保持显示，而其他节点消失。
2. 如果我想要孩子+'a'的孙子，命令会有所不同吗？
3. 另外，我的最后一个问题：在节点'a'中，我有一些关于节点“addinf：'sometext'”的附加信息，单击节点时如何也显示它？

提前致谢！

我正在使用 Cytoscape JS 创建一个网络。这是一个大型网络，我需要隐藏一些节点以提高可读性，但我无法重绘不包括隐藏节点的网络。隐藏某些节点后如何使用自动布局重绘？

在 Cytoscape.js 中将鼠标悬停在图形的外部节点上时，不会显示 qTip 对话框。

是否有在悬停在外部节点上时显示 qTip 气泡？我可以在上半部分的节点上弹出 qtip，但在图的两侧不会太多。尤其是在下半部分。

如何.sif (simple interaction)从仅包含基因表达值和基因名称的基因微阵列表达 .tab 文件生成文件？我使用 Expander 软件和 MeV 并想为Cytoscape and Spike software. 是否有任何 R 包或特定的插件或软件用于此目的？

我可以根据预先计算的基因之间的相关性手动编写 .sif 文件：

但是，不知道如何使用其他指标自动生成它。

谢谢

当我选择几个连接的或只是边的节点时，如何预先定义，使所选边的宽度更大，而不影响整个网络的其余边或节点的宽度？

我在选择节点或边时预定义了这个：

但是没有'line-width'，所以如果我把'width': 5它应用到所有的边缘和节点上。

那么如何在选择时修改边缘宽度并使图形的其余部分保持不变？

提前致谢！

我是 cytoscape 的新手。我想根据某个数字在我的网络中制作边缘的宽度。

我的文件如下所示：

节点1 节点2 34.04节点3 节点2
56.89
节点4 节点5 8.09节点1
节点4 10.54

当我导入我的网络文件时，我选择第 3 列作为“交互”。然后第 3 列中的数字以字符串列结束，不能用于进行连续映射。当我导入与节点属性相同的表时，我仍然只能将其放入字符串列。

我试图查看手册并搜索了很多 - 但我似乎是唯一一个遇到这个问题的人。我该如何解决？谢谢

I use cytoscape to present a structure with image in each node. The node content is appear, but the image is not. Is there a way to concate string path with the data(id) ?

My full code is here: http://jsbin.com/bacoju/1/watch

我正在使用 R 通过 RESTful API 将图形对象 (igraph) 发送到 Cytoscape——效果很好。我遇到的问题是图形是动态的，每个节点/边缘都有一个创建/结束日期，是否可以在 Cytoscape 中进行动态可视化？我尝试过使用许多不同的插件，包括 dynNetwork，但是这会查找 XGMML 格式的网络文件。

有没有人遇到过 Cytoscape 插件来做这类工作？

或者失败了，是否有一个 R 包以 XGMML 格式输出 igraph 对象？

非常感谢。