问题标签 [cytoscape]

我正在尝试按照使用 IDE 创建捆绑应用程序教程创建一个新的 Cytoscape 3.x 应用程序，但没有成功。

该教程很容易理解，但是当我运行 Cytoscape 以查看我的应用程序是否正在运行时，我可以看到它被列为Installed但它不是Active。

我错过了什么？

我想可视化我的数据。我的数据是这样的：我的数据文件是：https ://gist.github.com/anonymous/5568836

第一个是源节点，第二个是目标节点，第三个是距离。我已经使用networkx来可视化它，我的代码是：

输出是：

和相同的数据，我使用 cytoscape，结果是：

cytoscape 似乎自动对数据进行聚类，所以我可以看到一些聚类，在 networkx 中，它完全一团糟。

我想像细胞空间一样输出，但细胞空间输出有链接，无法设置节点之间的距离。

networkx 可以设置节点之间的边缘距离并且只能绘制节点（这是我想要的），但是布局完全混乱，我想展示一些集群:-)

似乎细胞空间使用了力布局，我在networkx中使用了力布局，但输出完全不同。

谁能给我一些帮助？谢谢

• 我已经使用 Cytoscape javascript来绘制一棵树。

• 问题是我想在一个节点中显示很多值，所以我们决定绘制饼图而不是原来的圆圈来表示很多值。但我不知道如何在节点上绘制饼图。

• 我找到了这个 CanvasJS

• 请告诉我如何在另一个 javascript(Cytoscape) 上绘制这个饼图。

或任何替代解决方案

谢谢你。

如何使用 CSS 的属性来设置饼图的样式，例如1、2

在 CSS3 中用于由Cytoscape.js构建的样式节点？

我已经尝试过以下代码..

但由于cytoscpe.js 文件，它似乎不兼容

所以我需要以某种方式在每个节点中创建饼图有什么可用的解决方案吗？提前致谢。

我在 cytoscape.js 中渲染具有约 1,000 个节点和约 5,000 条边的图形时遇到了很多麻烦（需要很长时间才能渲染，一旦由于浏览器过载而无法交互），但是出现了相同大小的图形可以很好地渲染并与 sigma.js ( http://sigmajs.org/ ) 配合使用。

我想知道为什么这两个库的性能差异如此之大。如果可能的话，我想使用 cytoscape.js，因为它似乎有更好的文档记录并且更容易使用，但我只能在它能够在浏览器中处理相当大的图表时这样做。

有任何想法吗？

所以我有一个 python 脚本，它生成一个 networkx 图形并将其导出为 .graphml，我希望脚本也能够在加载网络的情况下打开 cytoscape，而无需用户部分进行任何工作。我明白：

当我使用它时它工作正常。就像这样：

但是，我似乎无法获得os.system或subprocess无法正常运行，我当前的配置是：

但是会引发文件未找到异常。

我一直在阅读有关运行 .bats 和执行 cmd 操作的其他 stackoverflow 帖子和 python 文档，并且可以让基础知识发挥作用。但是，这似乎有点复杂，我不确定我哪里出错了！

根据要求，我例外：

找不到文件和不正确的路径异常：

一个稍微不同的 JVM 错误，它是由以下代码产生的：

我必须将我的数据视为视觉网络格式，因此使用 cytoscape web。我使用示例链接http://lekshmideepu.blogspot.in/2012/03/cytoscape-web-examples.html来绘制具有不同颜色节点和边缘的网络，它适用于节点/边缘的颜色和大小。我需要为每个节点再设置一个事件超链接。请需要点击事件节点作为网络中的超链接？

我已经学习了大约一个半星期的 Java，着眼于编写 cytoscape 插件并使用 jung2 来分析和操作 cytoscape 图形对象。有没有办法扩展 cytoscape 图形对象，将其称为 xyz 类，以包含 jung2 图形类型对象的新字段，其字段和方法指向 cytoscape 中的相应字段，而无需在内存中创建全新的对象。不确定我在这里是否有意义，但假设我有两个类代表相同类型的对象

然后像

如果现在在哪里

trans myTrans = new trans(5);

然后myTrans.toPqr.j指向myTrans.i

如果我为其中任何一个分配一个新值，则myTrans.i更改

如果我改变myTrans.i了，那么可以看到myTrans.toPqr.j

嗨，有人可以告诉我应该如何设置和使用与 cytoscape.js 一起打包的 jquery.cxtmenu 吗？我似乎找不到任何关于它的文档。

我已经包含了脚本文件，但我不确定如何初始化和设置我的菜单。

更新：我认为代码中存在错误？我不确定，但它似乎正在调用鼠标右键单击时不存在的函数。

非常感谢。

我正在尝试手动设置节点的起始位置，但从 JSON 结构中加载它们。如果我将位置放在“节点”结构中它可以工作，但是我正在尝试添加一个名为“位置：”的单独结构，我认为它应该可以工作吗？请参阅下面的结构示例。

稍后我调用 cy.load(graphdata)。

节点和边缘显示正常，但位置似乎根本没有受到影响。

我还加载了预设布局。

谢谢。