问题：我正在尝试从服务器获取一些数据来填充 cytoscape 图。当我从 javascript 访问范围时，它是未定义的。

尽管他们有很多关于这个/类似问题的帖子。一旦数据准备就绪（如果这是我遇到的问题），我无法找到有关如何解决从 javascript 文件访问范围的问题的解释。

我读到 http.get 方法是异步的？所以他们在执行后不会阻止任何东西。我想这就是我在访问范围时导致未定义错误的原因，因为数据尚未返回？我找到了一些关于此的信息，但不知道用什么来解决这个问题。我可以使用带角花括号的 HTML 中通常的方式访问数据，并且它可以工作。当我只是从控制器返回一些数据时，它也可以工作。

如果有人能指出我正确的方向，我会非常感激。

这是我试图运行的 javascript 文件，它抓取范围并将节点添加到 cytoscape 图中。

2. 从控制器调用工厂方法。

3. http.get 出厂

4. node.js 返回一些“节点”以添加到 cytoscape 图中

我已经看到提到的“承诺”，所以我想我接下来会朝着那个方向前进......

谢谢

Hi I'm trying to show all qtips I have in my cytoscape.js graph when a button is clicked. Some of my elements are hidden so I need to check that they have the 'show' class first before trying to display the qtip. Here is my code

However I am getting the following error in my browser console.

'Uncaught TypeError: Cannot read property 'set' of undefined: cytoscape-qtip.js:268'

thanks.

所以我正在尝试做一些与这两个帖子非常相似的事情，但有一些不同之处。一，我不想要一个 csv 文件，所以没有 csv 模块，我想用 Python 而不是 R 来完成它。

将邻接矩阵转换为 Cytoscape 的 Edgelist（csv 文件）

将邻接矩阵转换为 csv 文件

输入：

输出：

我有一个非冗余相关矩阵DF_sCorr，它已使用np.tril（@jezrael 礼貌提供的代码）从冗余矩阵中处理​​。

我想将它折叠到一个字典中，其中键是样本 {ie key=tuple(sorted([row_sample,col_sample])} 的排序元组，值是它们的值。我在下面编写了一个示例函数，sif_format它生成类似于 sif 格式的字典（格式中的 3 列表sample_x interaction_value sample_y），但它需要很长时间。

我认为组织这种类型的表格的最佳方法是字典。我觉得有一种更有效的方法可以做到这一点。可能只处理布尔值？我使用的真实数据集是 ~7000x7000

我不确定是否有一个函数 w/in numpy, pandas, scipy, 或者networkx可以有效地进行这种类型的处理。

DataFrame.to_dict() 不适用于此

有没有一种命令方法可以用 cytoscape.js 中的新数据替换我的图表的所有元素？就我而言，在后端进行一些操作后，我有了新的图形数据，并想用这些新数据重新绘制我的图形，但不要丢失我的相机设置，也许是这样的

我想为 PPI 和 3D 结构实现一个 Web 应用程序。任何人都知道 cytoscape.js 是否比 cytoscape 更好？

我获取了一个文本语料库并将其放入 VosViewer 中，为我创建了一个网络。当我将此 .net 文件导入 gephi 时，它工作正常：我得到了一个语义网络。虽然我对选择哪些属性导入到 cytoscape 有点困惑。这是网络的 CSV 文件（.net 导入不起作用），我只需要知道选择哪一列作为什么。

每列都可以选择作为以下之一导入：

• 源节点
• 交互类型
• 边缘属性
• 源节点属性
• 目标节点属性

我是 Cytoscape 的新手，需要一些建议。我有一个文件，它有两列名为：源和目标（边缘-> 结束节点）

例如，从顶部开始的示例可能如下所示：

它大约有一百万多行，我需要一种方法来可视化它。

Cytoscape 是这种可视化工作的正确工具吗？如果是这样，

可以使用哪些方法来简化如此庞大的网络，以便可视化实际上为我们提供了一些信息？任何插件/工具/技术建议将不胜感激。

我正在尝试运行一些使用 cytoscape.js 的代码。问题是，在我运行文件后，有时它确实会显示图表，但大多数时候不会。

我目前正在使用 Eclipse Luna，此代码位于 jsp 文件中。

这是我的代码：

我使用 cytoscape.js 2.7.5 显示由 Cytoscape Desktop 导出的图形，将 graph.cyjs 转换为包含"var graph = ... the content of the cyjs file ...;". 使用以下 HTML，我可以看到节点和边缘，但未导入样式（颜色，用作节点名称的属性）。我怎样才能导入样式呢？

我想弄清楚如何获得网络中节点的程度？我正在阅读Cytoscape_3_App_Cookbook，但是找不到我要找的东西。

任何建议/资源将不胜感激。