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所以我有一个 python 脚本，它生成一个 networkx 图形并将其导出为 .graphml，我希望脚本也能够在加载网络的情况下打开 cytoscape，而无需用户部分进行任何工作。我明白：

cytoscape.bat -N C:\Somepath\with\a\networkx.graphml

当我使用它时它工作正常。就像这样：

cd "C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0"
cytoscape.bat

但是，我似乎无法获得os.system或subprocess无法正常运行，我当前的配置是：

p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0")
stdout, stderr = p.communicate()

但是会引发文件未找到异常。

我一直在阅读有关运行 .bats 和执行 cmd 操作的其他 stackoverflow 帖子和 python 文档，并且可以让基础知识发挥作用。但是，这似乎有点复杂，我不确定我哪里出错了！

根据要求，我例外：

找不到文件和不正确的路径异常：

Traceback (most recent call last):
  File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module>
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0
.0\"")
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 267] The directory name is invalid

Traceback (most recent call last):
  File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module>
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0
")
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

一个稍微不同的 JVM 错误，它是由以下代码产生的：

os.system("\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0/cytoscape.bat\"")

Error: missing `server' JVM at `C:\Program Files (x86)\Java\jre7\bin\server\jvm.
dll'.
Please install or use the JRE or JDK that contains these missing components.
C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0
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从文档中：

“如果cwd不为None，在执行之前，子进程的当前目录会变为cwd。注意，搜索可执行文件时不考虑这个目录，所以不能指定程序相对于cwd的路径。 ”

您必须将命令的完整路径传递给 subprocess.Popen。

于 2013-07-16T00:21:28.897 回答