cytoscape - cytoscape 中的数值列

Question

我是 cytoscape 的新手。我想根据某个数字在我的网络中制作边缘的宽度。

我的文件如下所示：

节点1 节点2 34.04节点3 节点2
56.89
节点4 节点5 8.09节点1
节点4 10.54

当我导入我的网络文件时，我选择第 3 列作为“交互”。然后第 3 列中的数字以字符串列结束，不能用于进行连续映射。当我导入与节点属性相同的表时，我仍然只能将其放入字符串列。

我试图查看手册并搜索了很多 - 但我似乎是唯一一个遇到这个问题的人。我该如何解决？谢谢

Answer 1

这个答案适用于 Cytoscape 2.8.3。它可能适用于3.?.?。

就像您说的那样，使用您的文件格式，数字将用于填充“交互”，这是一个字符串属性。

因此，对于您的文件，不要在 Import Network from Table 对话框中设置交互类型（红色）。相反，将 Source Interaction（紫色）设置为 Column 1，将 Target Interaction（橙色）设置为 Column 2。然后，在对话框底部的表格中，单击列标题 Column 3。它将变为蓝色。然后它将作为浮点属性作为“列 3”导入，您可以在连续映射器中使用它。