我在 BioStar 和 Cross Validated 提出了这个问题，但它不符合他们的问题格式，因为它与软件的使用有关，所以我在这里发布问题，希望有人可以帮助我或建议我如何获得帮助在这个问题上：
我正在尝试将 Sirene 用于表达数据的基因调控网络推理，因为它是一个受监督的推理程序，并且看起来简单易懂。也有好评。我似乎在从 Sirene 生成 Cytoscape 文件时遇到了一些问题，因此我无法查看网络。我是 MATLAB 新手，我的部门不支持 MATLAB，因此我无法确定是什么原因造成的。如果有人可以帮助我，我将不胜感激。我知道这看起来很奇怪，但我一直在向作者发送有关该程序的电子邮件，但还没有收到他们的消息，现在已经好几个月了。
我感到很失落，无法从任何地方获得帮助，因为似乎很少有人知道这个程序。但正如本文所指出的，关于这个程序的评论非常好：
http://genomemedicine.com/content/4/5/41
我将在这里详细写下所有内容：
我已经下载了 Sirene：http ://cbio.ensmp.fr/sirene/ </p>
我正在使用 MATLAB 7.10.0 (R2010a)，编译器：Microsoft Visual C++ 2010 Express，libsvm-3.18
该程序附带 E.Coli 的测试数据，在 data>ecoli 文件夹中有表达、基因名称、操作子组和调控文件。然后在结果文件夹中，有一个名为 ecoli 的文件夹，其中包含一个名为 runexperiment_libsvm 的 MATLAB 代码文件。首先，我想在给定的 ecoli 数据集上测试程序。所以我将这个 runexperimnet_libsvm 文件中的文件位置更改为我保存它们的位置，现在一切都在路径上。然后我只需在 matlab 中运行这个文件，它就会开始计算和打印很多次：
optimization finished, #iter = 452
nu = 0.000074
obj = -28.403413, rho = 0.994572
nSV = 355, nBSV = 0
Total nSV = 355
Accuracy = 100% (393/393) (classification)
and at the end, it gives me
-3293 new predicted interactions in the known regulation matrix.
除此之外，在计算过程中，它会绘制许多图形，例如 roc、auc、aup 图。它还编写了一个名为 cytofile60.txt 的文本文件，但它始终为空，另一个名为 nb_new_pred.txt 的文本文件仅显示一行 ---> 警告：未达到 60% 的精度级别。
我不明白为什么会这样。这可能是我对 MATLAB 的有限了解导致了这种情况，但我更希望它至少会给我提供程序附带的测试数据的 cytoscape 文件，因为所有参数都将针对该数据集进行优化。我需要额外的命令来将网络写入 cytoscape 文件吗？因为我认为所有内容都已经写在 runexperiment_libsvm.m 文件中，而要做的就是提供数据文件的路径，这就是我所做的。
如果有人可以帮助我，我将不胜感激。
编辑：运行不需要太多时间，而且速度很快。如果某些 MATLAB 大师可以在给定的数据上快速测试运行它（您不必从任何地方下载，并且所有内容都已经在 Sirene 的 zip 文件夹中），它真的会帮助我。
非常感谢！！！