cytoscape - 如何在 Cytoscape 中自动执行 [加载 + 导出] 操作？

Question

我有大约 100 个 *.xgmml 文件，每个文件都指定了一个不同的网络。如何通过 Cytoscape 为每个输入文件自动生成 PNG 图像文件的过程？

（Cytoscape 命令行选项包括一些用于加载文件的选项，但我没有看到任何用于将网络导出为图像文件的选项。）

Answer 1

（在 cytoscape 3+ 中）您可以执行以下操作，将其放入文本文件并使用 cytoscape.sh -S [脚本文件] 运行，或者在打开 cytoscape 后直接进入（工具 -> 执行命令文件):

#Import network
network import file indexColumnTargetInteraction=1 ...
  indexColumnSourceInteraction=2 file="[full path to .xgmml file]"
#Import and set style
vizmap load file file="[full path to .xml style file]"
vizmap apply styles=[style name]
#Set layout
layout attribute-circle
#Set view to fit display
view fit content    
#Save 
view export OutputFile="[full path to output file]" options=PDF

更一般地说，命令行实用程序（工具 -> 命令行对话框）上的帮助命令非常有用。它列出了所有可用的命令，并且可以查询每个命令的语法。