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我尝试使用 RCytoscape 包将网络从 R 导出到 cytoscape。我试图遵循文档但失败了。以下是我使用的命令：

data(liver.toxicity)
X <- liver.toxicity$gene
Y <- liver.toxicity$clinic
toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(50, 50, 50), keepY = c(10, 10, 10))
result<-network(toxicity.spls, comp = 1:3, threshold = 0.8, 
 X.names = NULL, Y.names = NULL, keep.var = TRUE,
 color.node = c("mistyrose", "lightcyan"),
  shape.node = c("rectangle", "circle"),
  color.edge = c("red", "blue"),
   lty.edge = c("solid", "solid"), lwd.edge = c(1, 1), 
   show.edge.labels = FALSE, interactive = FALSE)
  library(RCytoscape)
  cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=makeSimpleGraph())
  displayGraph (cw)

而不是导入 42 个顶点和 78 条边，它只导入文档中显示的这三个边和节点。我没有意识到 whee 犯了错误。

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如果“结果”是您的图表，那么这应该有效：

cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=result);
displayGraph (cw)

在您的代码的当前形式中——这是一个容易犯的错误！-- 您要求 RCytoscpe 显示一个演示图，由 RCy 演示方法“makeSimpleGraph ()”制作

让我再问一下，也许为了省点麻烦：你的网络函数返回一个graphNEL吗？

如果您对如何创建 graphNEL 有任何不确定性，只需makeSimpleGraph在 R 提示符下键入即可向您显示制作 graphNEL 的所有代码，包括节点、边和属性。

说得通？如果您遇到更多困难，请告诉我们。

于 2012-09-17T16:29:36.130 回答