问题标签 [openblas]

我正在尝试安装numpy，OpenBLAS但是我不知道如何site.cfg编写文件。

当按照安装过程完成安装时，安装没有错误，但是将 OpenBLAS 使用的线程数从 1 增加（由环境变量 OMP_NUM_THREADS 控制）会降低性能。

我不确定 OpenBLAS 集成是否完美。任何人都可以提供一个site.cfg文件来实现相同的目标。

PS：OpenBLAS 与其他工具包（如基于 Python 的Theano ）的集成，在同一台机器上增加线程数量时提供了显着的性能提升。

我有一个使用 Fortran 95 和 gfortran 编译器的代码。我也在使用 OpenMP，我必须处理非常大的数组。在我的代码中，我还必须使用 OpenBLAS 的求解器 DGTSV 求解线性方程组。我想并行化这个求解器以及使用应该能够做到的openblas。但我在语法上有问题。使用附加的伪代码，所有 4 个 CPU 几乎 100% 使用，但我不确定每个内核是否单独求解线性方程，或者是否将其拆分为多个部分并并行计算。整个东西是使用编译的gfortran -fopenmp -lblas a.f95 -o a.out

所以我的伪代码看起来像

我必须做什么才能使求解器并行化，以便每个内核计算求解器的各个部分？

好的，我知道float16它不是真正的原始类型，但它是由 Python/numpy 模拟的。但是，问题是：如果存在并且 Python 允许使用该numpy.dot()函数在数组乘法中使用它，为什么 OpenBlas（或 ATLAS）不能正常工作？我的意思是，乘法有效，但并行计算无效。float16或者，以不同的方式（我认为更好），如果我们不能利用 OpenBlas/ATLAS 提供的高级功能，为什么 Python/numpy 允许使用？

我目前正在尝试调试未初始化的内存错误。我现在在 OpenBlas 源代码中遇到了数字文字 0.e0f（这是调试器当前所在的位置），这是什么意思？

上下文是这样的：

0.e0f 显然评估为 0。

在花费大量时间从源代码构建 ATLAS 之后，我在 OpenSUSE 13.1 存储库中发现了 libopenblas 和 libatals。我的问题是

1. 存储库中易于安装（无需在您自己的计算机上进行调整）“libatlas”是否真的提高了计算性能？

2. OpenBLAS 是比 ATLAS 好还是只比 Linux 存储库中易于安装的“libatlas”好？请参阅For faster R use OpenBLAS instead: better than ATLAS, trivial to switch to on Ubuntu。

3. 我关注了这篇使用 OpenBLAS 编译 Numpy 的帖子，但找不到“numpy.core._dotblas”模块。此外，我无法同时使用 ATLAS 和 OpenBLAS 构建 Numpy。

4. 有人可以发布一个 .py 文件或 bash 代码来比较 ATLAS 和 OpenBLAS 吗？例如。

5. 我用自己的ATLAS构建了 Numpy-1.9，从源代码编译了OpenBLAS，并在 OpenSUSE 13.1 的存储库中安装了“libopenblaso”（OpenMP 版本）和“libopenblasp”（pthreads 版本）。如何配置链接和库，以便可以告诉 Numpy-1.9 使用 OpenBLAS 而不是 ATLAS，而无需重新构建 Numpy-1.9 包。

注意：如果您在存储库中安装“libatlas”，则 ATLAS 未针对您的计算机进行调整，并且无法提高计算性能。因此，我先构建和调整了 ATLAS，然后用我自己的 ATLAS 构建了 Numpy。之后我尝试将 OpenBLAS 链接到 Numpy 但失败了。

提前谢谢了！

感谢@Dmitry 的快速回复！但是问题没有解决...

安装

问：为什么会有一个有趣的双斜杠“..64//usr..”？

链接图书馆

问：这个配置可以吗，因为一些静态库“.a”是链接的？

注意：“libopenblasp.so.0”在“zypper in”之后自动链接，而所有“atlas”库都是由命令手动创建的：

我正在尝试使用 MinGW32 和 OpenBLAS 在 Windows 32 下编译 Armadillo C++ 库。

我已经尝试了有关该主题的所有教程和 stackoverflow.com 问题，但似乎仍然无法禁用 wrapper.obj 的编译，这会产生链接错误“未定义对 `sdot_' 的引用”等等。这些是包装器无法找到的 BLAS 符号。

我没有安装其他 BLAS/LAPACK 库，并且在 cmake 输出中确认已找到 libopenblas.dll。

如何禁用 wrapper.obj 的编译和链接？编辑 config.hpp 没有效果。

我正在服务器上的主文件夹中本地安装 Python (2.7.8) 环境，以便将较新版本的 Python 及其一些库（Numpy、Theano）与 OpenBLAS 一起使用。为此，我首先usr在我的主目录 ( /home/my_home/usr/) 的文件夹中安装了 Python，如下所述：

https://mail.python.org/pipermail/tutor/2002-March/012903.html

安装似乎很顺利。我通过启动 Python 解释器检查了这一点，它在启动时显示正确的版本。

在此之后，我将 OpenBLAS 安装到/home/my_home/opt文件夹中，如下所述：

使用 OpenBLAS 集成编译 numpy

...这也没有给我任何错误。但是，现在当我尝试安装 Numpy 时（根据上面链接中的说明），我收到以下错误：

我想最简单的事情就是找到 . 的包select，编译并安装它。我不确定这是否正确，因为我上次在主目录中本地安装 Python 2.7.6 时，没有出现此类错误。据我了解，该select模块应该与 Python 一起安装。

当我尝试以类似方式在我的主文件夹中安装 IPython 时，也会发生这种情况。给出的图书馆ImportError是不同的。

我想知道这些是否与我在安装 Python 时可能犯的一个更普遍的错误有关。我将不胜感激有关此问题的任何建议。请让我知道是否有任何其他信息会有所帮助。谢谢！

我的 C 库与 swig 接口。我可以用我的 setup.py 编译它。这里是扩展部分：

在我的库中，我使用 openmp 进行并行化。当我调用我的例程时，我得到了正确数量的线程，但它们都受到 GIL 的影响并且同时运行。我的例程给了我正确的输出。我的印象是swig -threads进入图书馆时会释放GIL。那么为什么我的函数没有并行化呢？

下面是一个 openmp 例程的示例：

我的接口文件不包括任何%threads或Py_BEGIN_ALLOW_THREADS调用。我是否需要发布 GIL，如果需要，我将如何做？

更新： 我在 virtualenv 中安装了带有 openblas 的 numpy，用于计算。它与没有 virtualenv 的 python 解释器完全相同。如果我在激活环境的情况下运行以下 onlineer，则它不会并行化。但是，如果我使用标准安装运行它，它就可以工作。所以我不再确定真正的错误是什么。

当我尝试导入 numpy 时，出现以下错误：

我已经尝试过在 debian wheezy 上的 virtualenv 中使用 pip 安装 matplotlib 时通过 import numpy: lapack_lite.so: undefined symbol and GotoBLAS error 发布的解决方案

我已经尝试了以下所有选项：

我正在使用 Ubuntu 14.1 和 python 2.7

我正在尝试链接 NumPy 和 SciPy（在 Python 3 下，在 Fedora 20 下），只使用 RPM 包（所以，没有 pip，手动构建等）。

我尝试了各种东西，但是

总是给我通常的“我正在使用 ATLAS”信息。

我试过玩alternatives，如建议的here，here和其他几个资源，但alternatives --list | grep blas总是空的。我尝试添加一个libblas.so.3替代方案，链接到libopenblas.so，但上述测试的行为没有改变。

我还试图找出 SciPy/NumPy 加载这些库的位置和方式，但找不到。

我没有_dotblas.so（在与此相关的各种说明中经常提到）；但是，我确实有_dotblas.cpython-33m.so、cblas.cpython-33m.so和fblas.cpython-33m.so，但它们都没有链接到libblas.so.3（如上一个链接中所建议的那样）。

删除 ATLAS 不是一种选择，因为它会拖拽更多的包（例如 Gimp）。

我还在虚拟机中安装了新的 Fedora 20。yum 的 NumPy/SciPy 坚持使用 ATLAS。当我删除它们并从 pip 安装时，它们使用 OpenBLAS 没有问题（但后来我无法轻松切换 ATLAS）。我想要两者，通过简单的切换，所以我可以执行各种测试来比较这两者的性能，并且（重新）在 yum 和 pip 之间安装显然不是一个解决方案。

我想避免重建和手动安装，以便将来更新更容易，因为我需要在几台不同的机器上进行此操作。在我看来，这样做并不是一件奇怪的事情，告诉这些模块加载一个或另一个库，而无需在我想要进行更改时进行重大重新安装。