问题标签 [rna-seq]

我想在谷歌云平台（GCP）的计算引擎实例中使用 RNA seq 数据分析。我是 GCP 的新手。有很多管道。但我想自己安装软件并进行分析。有追索权，但我迷路了。我需要知道如何在存储桶中打开、保存和检索数据，如何在 GCP 中使用 shell 来安装包等。我将使用 Fastq-dump 进行数据下载，使用 STAR 进行对齐。

如果有人可以列出教程供我阅读，我将不胜感激。谢谢！

我正在尝试在 conda/mamba 环境中通过 snakemake 使用鲑鱼处理大量 RNA-seq 数据。

运行 snakemake 时收到以下错误：

这是我的蛇文件：

我尝试更改r1和r2输入的文件路径。但是，我认为我缺少某些东西或拥有太多东西。

这是我的 ls，其中 fastq 文件夹包含所有 fastq.gz 文件，转录组位于 gencode.v38_salmon.1.5.0 文件夹中，而 quants 文件夹为空：

这是 fastq 文件夹：

我最近开始使用“monocle3”，非常感谢您提前提供的所有帮助！

我正在尝试为我的数据构建单细胞轨迹，但我遇到了以下错误，不知道如何绕过它：

错误：参数 expression_data 必须是矩阵 - 来自 Matrix 包的稀疏矩阵或密集矩阵

在此步骤之前，我已完成以下操作：

我真的很感谢大家的意见:)

干杯，

我正在跟随 DIYTranscriptomics

我无法让 Tximport 在我自己的样本上运行。我运行下面的代码，并得到以下输出。

我不明白的是，当我在 tsv 文件中手动搜索从 Ensembl 转录组创建的 tibble 中的转录时，例如 ENSDLAT005example，我可以找到它，反之亦然。在 tsv 和 tibble 中，这两列都称为 target_id。我不知道从这里去哪里。它应该工作，但事实并非如此。所有这些东西都在过去两周内完成/安装，所以我确信我没有使用过时的包或其他东西。

作为预处理步骤，我需要从包含100 个不同样本（列）的大约 60k 个基因的批量 RNA-seq 数据中选择前 1000 个高度可变的基因（行）。列值已经包含三次的平均值。该表包含 FPKM 中的标准化值（注意：我无权访问原始计数，也无法使用常见的 R 包，因为这些包将原始计数作为输入。） 在这种情况下，选择前 1000 个可变基因？

我尝试使用rowSums()函数过滤掉基因（以删除 rowsums 值较低的基因）并将其从 60k 基因缩小到 10K 基因，但我不确定这是否是选择高度可变基因的正确方法。任何输入表示赞赏。

我对生物信息学和 RNA-seq 非常陌生，所以请放轻松。当我尝试执行分析时，我不断收到同样的错误。背景：我有一个名为 tutorial 的文件夹，该文件夹中还有 4 个其他文件夹（目前重要的是 trimmed_fastq、bt2Index 和 insert_size）。使用 bowtie2-build，我在 bt2Index 文件夹中创建了一个索引为 Zv9 的 bt2 文件。现在我想将修剪后的读数（在 trimmed_fastq 中）与基因组对齐。

这就是我所做的以及我得到的错误：

我试过用几种不同的方式写出来，但无法解决。有任何想法吗？任何帮助将非常感激。我是一个完整的初学者。

我是 RNA-seq 分析的新手，我想对 log2(TPM+1) 数据进行 DE 分析。我知道这并不理想，但这是我可以从以前的数据集中获得的输入数据。我正在考虑使用 Limma 趋势和 eBayes，而不是使用我的 log2（TPM+1）使用 logCPM（推荐）。这是一个好主意吗？我应该使用不同的方法吗？

提前致谢

我正在尝试使用 Minimap2 将 Oxford Nanopore cDNA 读数映射到参考。我正在从终端在 unix 环境中使用 macbook。我已经下载了我的 fastq 文件和我的参考基因组，我已经按照GitHub 上的教程下载了 Minimap2 ，代码如下：

curl -L https://github.com/lh3/minimap2/releases/download/v2.21/minimap2-2.21_x64-linux.tar.bz2 | tar -jxvf -

然后尝试使用以下命令运行 Minimap2：

minimap2 -ax splice ref.fa nanopore-cdna.fa > aln.sam

但输出是：-bash: minimap2: command not found

所以看起来 minimap2 没有安装，但我可以看到包含名为 minimap2 的 Unix 可执行文件的文件夹。我该如何安装它？我的生物信息学经验很少，所以如果这是非常基本的，我深表歉意......

谢谢！

我正在尝试使用 minimap2 将一些 Nanopore PCR-cDNA 测序数据与参考转录组对齐，但输出的 SAM 文件不是我所期望的。

这是我正在使用的代码行，如 minimap2 README 说明中所述：

minimap2 -ax splice ref_data/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa data/fastq_runid_x_0.fastq > aligned/barcode10_x.sam

这是它运行时的输出，以防它有用：

它运行良好并输出 sam 文件，但它只包含没有任何对齐数据的标题，例如：

@SQ SN:ENST00000631435.1 LN:12

@SQ SN:ENST00000415118.1 LN:8

@SQ SN:ENST00000448914.1 LN:13

@SQ SN:ENST00000434970.2 LN:9

我究竟做错了什么？这是否意味着根本没有对齐？Nanopore 输出了许多 fastq 文件，我只尝试了其中几个来测试代码是否有效，我只是不幸地测试了不对齐的测序文件吗？会不会是别的东西？

我正在尝试使用包 bambu 来量化 bam 文件中的基因计数。我正在使用我大学的 HPC，所以我编写了一个 R 脚本和一个批处理提交文件来启动它。

当脚本运行 bambu 函数时，它会给出以下错误：

所以看起来 BiocParallel 不高兴并且无法打开某个连接，但我不知道如何解决这个问题？

这是我的 R 脚本：

如果您对为什么会发生这种情况有任何想法，那将非常有帮助！谢谢