macos - Bowtie2 错误：“不存在或不是 Bowtie 2 索引”

Question

我对生物信息学和 RNA-seq 非常陌生，所以请放轻松。当我尝试执行分析时，我不断收到同样的错误。背景：我有一个名为 tutorial 的文件夹，该文件夹中还有 4 个其他文件夹（目前重要的是 trimmed_fastq、bt2Index 和 insert_size）。使用 bowtie2-build，我在 bt2Index 文件夹中创建了一个索引为 Zv9 的 bt2 文件。现在我想将修剪后的读数（在 trimmed_fastq 中）与基因组对齐。

这就是我所做的以及我得到的错误：

cd desktop/tutorial/insert_size
bowtie2 \
--minins 0 \
--maxins 1000 \
--very-fast \
-x $HOME/desktop/tutorial/bt2Index/Zv9 \
-1 $HOME/desktop/tutorial/trimmed_fastq/2cell1.trim.paired.fq \
-2 $HOME/desktop/tutorial/trimmed_fastq/2cell2.trim.paired.fq \
-S 2cells.sam
(ERR): "/Users/eag519/desktop/tutorial/bt2Index/Zv9" does not exist or is not a 
Bowtie 2 index
Exiting now ...

我试过用几种不同的方式写出来，但无法解决。有任何想法吗？任何帮助将非常感激。我是一个完整的初学者。