问题标签 [bowtie]

我正在尝试重复本教程的“索引参考基因组”步骤。

但是，当我运行命令时

../bowtie2-master/bowtie2-build ./bowtie2-master/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus

发生此错误：

输出pwd：

发生了什么事，我该如何解决？谢谢！

使用 bowtie2-build 我创建了拟南芥 Araport11 基因组的索引文件（https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FGenes%2FAraport11_genome_release），其中我使用了 Araport11_cdna_20160703_representative_gene_model.gz对于转录组。然后，我使用 bowtie2 创建了单端读取的 .bam 文件，并使用 samtools 排序将它们转换为 .bam。我现在想做的是创建一个读取计数 csv 文件，以及带有 stringtie 的 gtf 文件。为此，我获得了这些注释指南文件：Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gff.gz & Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf.gz。我对这些文件应用了 gunzip。

但是，当我尝试运行 stringtie {input} -eB -G {either of the .gff or .gtf guides} -o {output}

对于 .gff- 和 .gtf 指南文件，我收到以下警告：警告：没有为读取映射的基因组序列找到参考转录本！请确保 -G 注释文件对基因组序列使用相同的命名约定。

然后在运行 prepDE.py 时，它包含适当的拟南芥 AGI 作为行，以及适当的样本特定列（代表每个样本的读数）。但是，文件中的所有值都为零！

显然，一定是出了什么问题。此外，当手动搜索 .gff 和 .gtf 文件中我的 .bam 文件中列出的基因时，实际上有结果！所以看起来相同的命名约定是正确的。我在这里做错了什么？

我正在使用带有 bowtie2 的 kneaddata。使用带有 trimmomatic 选项的默认参数 (trimmomatic_options = MINLEN:12 SLIDINGWINDOW:4:15) 我的日志文件显示以下类型的警告重复多次：

日志文件的结尾有以下信息：

我有以下问题：

1. 这是否意味着我的阅读有问题？如果是这样如何找出来？
2. 我应该避免使用修剪吗？您认为这会导致此处的读取被过滤掉吗？
3. 我会在接下来的步骤中丢失这些读数吗？

我正在尝试让 Bowtie2 在 windows10 上工作。我需要运行一个通过路径调用 Bowtie2 的 Python 模块，因此它不能简单地通过 bioconda 运行。这是我到目前为止所做的：

1. 下载 bowtie2-2.3.4-mingw-x86_64 （有 Windows 二进制文件的最新版本）
2. 更改了我的用户路径以包含 bowtie2-2.3.4-mingw-x86_64 文件的路径
3. 尝试运行 Bowtie 教程：使用 setx BT2_HOME "C:\Users\lberd\Documents\Python Scripts\bowtie2-2.3.4-mingw-x86_64"，通过检查集合列表确认变量已保存，然后运行代码BT2_HOME/bowtie2-build，从教程中复制。
   当我这样做时，我收到错误“'BT2_HOME' 不是内部或外部命令、可运行程序或批处理文件。”

当我尝试运行使用 Bowtie2 的 python 模块时，我还收到错误“返回非零退出状态 1”。

我正在尝试确定 Bowtie2 是否未成功安装、版本是否太旧，或者我是否不理解这些命令。谢谢！

我最近通过预编译的二进制文件下载了 Bowtie2-2.3.4，并将文件位置添加到我的路径中。我还安装了草莓 perl，并将该位置添加到我的路径中。bowtie2当我尝试通过键入, bowtie2 -- version,来确定是否正确安装了 bowtie2时bowtie1 - inspect，收到消息：“无法打开 perl 脚本“C:\Users\lberd\Documents\Python”：没有这样的文件或目录”。如果我在我的文档文件夹中创建一个名为 Python 的空目录，它会给我“无法打开 perl 脚本“C:\Users\lberd\Documents\Python”：权限被拒绝”。我安装了 python 3.9.5，位置也在我的路径中。

bowtie2 在 python 文件夹中寻找什么？

我对生物信息学和 RNA-seq 非常陌生，所以请放轻松。当我尝试执行分析时，我不断收到同样的错误。背景：我有一个名为 tutorial 的文件夹，该文件夹中还有 4 个其他文件夹（目前重要的是 trimmed_fastq、bt2Index 和 insert_size）。使用 bowtie2-build，我在 bt2Index 文件夹中创建了一个索引为 Zv9 的 bt2 文件。现在我想将修剪后的读数（在 trimmed_fastq 中）与基因组对齐。

这就是我所做的以及我得到的错误：

我试过用几种不同的方式写出来，但无法解决。有任何想法吗？任何帮助将非常感激。我是一个完整的初学者。