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我正在尝试让 Bowtie2 在 windows10 上工作。我需要运行一个通过路径调用 Bowtie2 的 Python 模块,因此它不能简单地通过 bioconda 运行。这是我到目前为止所做的:

  1. 下载 bowtie2-2.3.4-mingw-x86_64 (有 Windows 二进制文件的最新版本)
  2. 更改了我的用户路径以包含 bowtie2-2.3.4-mingw-x86_64 文件的路径
  3. 尝试运行 Bowtie 教程:使用 setx BT2_HOME "C:\Users\lberd\Documents\Python Scripts\bowtie2-2.3.4-mingw-x86_64",通过检查集合列表确认变量已保存,然后运行代码BT2_HOME/bowtie2-build,从教程中复制。
    当我这样做时,我收到错误“'BT2_HOME' 不是内部或外部命令、可运行程序或批处理文件。”

当我尝试运行使用 Bowtie2 的 python 模块时,我还收到错误“返回非零退出状态 1”。

我正在尝试确定 Bowtie2 是否未成功安装、版本是否太旧,或者我是否不理解这些命令。谢谢!

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