我正在使用带有 bowtie2 的 kneaddata。使用带有 trimmomatic 选项的默认参数 (trimmomatic_options = MINLEN:12 SLIDINGWINDOW:4:15) 我的日志文件显示以下类型的警告重复多次：
Warning: skipping read '####' because length (1) <= # seed mismatches (0)
Warning: skipping read '####' because it was < 2 characters long
日志文件的结尾有以下信息：
7995997 reads; of these:
7995997 (100.00%) were unpaired; of these:
7506309 (93.88%) aligned 0 times
333734 (4.17%) aligned exactly 1 time
155954 (1.95%) aligned >1 times
6.12% overall alignment rate
pair1_aligned : 216036
pair2_aligned : 216036
orphan1_unaligned : 47096
orphan2_unaligned : 14117
orphan2_aligned : 43260
pair2_unaligned : 3722548
pair1_unaligned : 3722548
orphan1_aligned : 14356
我有以下问题：
- 这是否意味着我的阅读有问题？如果是这样如何找出来？
- 我应该避免使用修剪吗？您认为这会导致此处的读取被过滤掉吗？
- 我会在接下来的步骤中丢失这些读数吗？