我正在尝试使用 minimap2 将一些 Nanopore PCR-cDNA 测序数据与参考转录组对齐，但输出的 SAM 文件不是我所期望的。
这是我正在使用的代码行，如 minimap2 README 说明中所述：
minimap2 -ax splice ref_data/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa data/fastq_runid_x_0.fastq > aligned/barcode10_x.sam
这是它运行时的输出，以防它有用：
[M::mm_idx_gen::30.159*1.67] sorted minimizers
[M::main::30.403*1.66] loaded/built the index for 199240 target sequence(s)
[M::mm_mapopt_update::33.814*1.59] mid_occ = 138
[M::mm_idx_stat] kmer size: 15; skip: 5; is_hpc: 0; #seq: 199240
[M::mm_idx_stat::34.679*1.57] distinct minimizers: 29851805 (38.32% are singletons); average occurrences: 4.024; average spacing: 2.961; total length: 355717275
[M::worker_pipeline::38.291*1.64] mapped 3958 sequences
[M::main] Version: 2.21-r1071
[M::main] CMD: minimap2 -ax splice ref_data/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa practice_data/barcode10/fastq_runid_d029cd336fcba24b888668a714fbf86311b46afd_50_0.fastq
[M::main] Real time: 38.866 sec; CPU: 63.472 sec; Peak RSS: 1.499 GB
它运行良好并输出 sam 文件，但它只包含没有任何对齐数据的标题，例如：
@SQ SN:ENST00000631435.1 LN:12
@SQ SN:ENST00000415118.1 LN:8
@SQ SN:ENST00000448914.1 LN:13
@SQ SN:ENST00000434970.2 LN:9
我究竟做错了什么？这是否意味着根本没有对齐？Nanopore 输出了许多 fastq 文件，我只尝试了其中几个来测试代码是否有效，我只是不幸地测试了不对齐的测序文件吗？会不会是别的东西？