问题标签 [snakemake]

snakemake 是一个类似于 python 的 make 替代品，它更适合于工作流而不是编译。它非常好，但也很新，我似乎无法在 Emacs 中找到它的模式。我只想要一些非常简单的东西：对基本模式进行非常轻微的修改，所以我在阅读 emacs 手册时，我在 init.el 中开始了以下内容：

像 make 一样，snakemake 对缩进很严格（实际的制表符“\t”字符，而不是当键入 TAB 时 emacs 的默认行为方式）。当我键入“Cq TAB”时，它会在缓冲区中放置一个真正的制表符：这可行，我在基本模式下使用 Snakefile 进行了尝试，它运行完美。因此，为了避免每次在此模式下需要 TAB 时都键入“Cq TAB”，我想对蛇模式进行的第一个添加是将 TAB 键重新绑定到“Cq TAB”（或类似的东西）。所以我仔细阅读了emacs手册并尝试了：

但是这个和其他替代方法都不起作用......也许像 TAB 键这样的重新绑定标准键不是推荐的做法？

我想要的蛇模式的另一个补充是它根据python突出显示语法（但没有任何python行为，例如python缩进行为）

总而言之，在创建“蛇模式”时对基本模式的这两个简单修改以及在文件名是“蛇文件”时调用蛇模式的方法就是我所寻找的，但我已经花了几个几个小时阅读 emacs 手册并进行一些谷歌搜索，似乎我还没有接近。这很简单，我很确定这是可能的；有什么建议吗？

谢谢

默里

我目前正在研究一个蛇形文件，该文件应该在 shell 命令期间产生一些输出，并将其中一些输出提取到另一个文本文件中。但是，我遇到了无法摆脱的错误。

代码：

错误信息：

那么无效指针是否对另一个错误负责？

最好的，马塞尔

我在安装 panda 库时遇到问题。我目前在 LMDE 下使用带有 Python 版本 2.7 和 3.4 的蛇形制作。我尝试了以下方法：

这不起作用，因为我收到以下错误：

我认为这是因为 snakemake 基于 python 3，我尝试了这篇文章中的解决方案。这个不工作（反正我不太明白 virtualenv 的概念）：

然后我尝试了：

它工作得很好，但后来我得到了这个错误：

从这篇文章来看，它看起来像是一个版本问题，应该 > 0.15。最后一个命令说它安装了 pandas 0.14，但是当我检查时，我得到了：

我被困在这里，在 python 版本和 pandas 版本之间，我不知道该怎么做。任何帮助将不胜感激。

我一直在尝试循环文件列表并根据它们的数量对它们应用操作。我第一次尝试使用该ls命令，但输出不是列表：

输出

我尝试了这种不同的语法：

它在本地运行良好，但后来我将其用作 shell 代码到蛇形工作流程中，然后它引发语法错误：

我猜这是bash解释器的问题？任何线索我还能如何遍历这些文件？

谢谢

编辑：我也试过

哪个输出

我正在为 snakemake 工作流程编写 Snakefile。作为我工作流程的一部分，我需要检查数据库中的一组记录是否已更改，以及它们是否已重新下载。

我的想法是编写一个规则来检查数据库时间戳并将其写入输出文件。并使用时间戳文件作为我的下载规则的输入。问题是一旦写入时间戳文件，时间戳规则将永远不会再次运行，因此时间戳将永远不会更新。

有没有办法让这条规则每次都运行。（我知道我可以从外壳强制它，但我想在 Snakefile 中指定它）或者，有没有更好的方法来处理这个？

我有一个 linux VM，每 4 小时更新一次新的数据文件。这些文件按编号 01 到 10 组织在目录中。

我有一个可执行文件（convert.exe），可以将上传的文件转换为不同的文件类型。

我想开发一个管道来处理文件（convert.exe），然后将它们重定向到另一个目录。

我已经在 linux bash 脚本中对它进行了系列编程。使用以下代码：

但是，我想使用我可以访问的处理能力并在多个 CPU 上并行运行它，以获得更多的实时转换方法和结果。

我打算改用 python 并使用snakemake 来分发命令。

我对编程并不陌生，但对命令很python陌生snakemake。

只是想知道是否有人可以提供一些关于如何开始这个过程的见解？

我有一个包含 10 个子目录（dir01 到 dir10）的目录和每个子目录中的许多文件（每天都会将新文件添加到子目录中）。

我正在尝试编写一个snakemake文件，该文件将遍历所有子目录和所有文件并处理它们（运行我的convert.exe可执行文件以将我的 .Stp 文件转换为 .Xml）。处理后的文件将被移动到一个新目录中，但会移动到与之前名称相同且文件名相同的子目录中。

所以 - 作为最后的一个例子，最终的工作流程应该类似于这样运行：

我还想将它分配给我可以访问的 12 个 CPU，并行运行。

我刚刚开始使用snakemake，并且已经完成了一些教程，但是我有点迷失了。

到目前为止，这是我所拥有的：它不起作用，我什至不确定这是否是解决它的写入方式。这也只是第一部分 - 只是尝试遍历目录和文件（还没有尝试转换或并行运行）。

任何有关如何解决此问题的帮助将不胜感激！

谢谢！

如果需要，每 4 小时用新信息更新文件 - 即是否已针对该特定文件处理任何新信息（文件对应于人）。

我正在运行此命令将我的 .stp 文件（每 4 小时更新一次）转换为 .xml 文件。

我的脚本在Snakemake（基于python）中，但我正在convert.exe通过shell命令运行。

我在已经使用 convert.exe 处理的那些上遇到错误。它们被保存convert.exe为写保护，并且没有选项可以在可执行文件本身中绕过它。

错误信息：

我仍然希望它们受到写保护，但也希望能够根据需要更新它们。

我可以在我的 shell 命令中添加一些东西来覆盖写保护文件吗？

我正在使用一个名为snakemake的python-dsl，它看起来像这样：

我想对run:块内的东西运行 yapf。

是否有可能让 yapf 忽略 python 中不存在的东西，比如rule关键字等，只在文件的特定部分使用它？

考虑以下蛇文件：

如果我取消注释该wildcard_constraints部分，则标记的文件temp不会被删除。

这可能是什么原因？

更多测试

放入wildcard_constraints规则：

这具有相同的效果：temp文件不会被删除。

将通配符约束放在generate_text规则的输出文件名中：

在这种情况下，temp文件将按预期删除。

将约束放在gather_results规则的输入文件名中：

这会导致错误：

/tmp/Snakefile 第 20 行中的 WildcardError：
没有为通配符 'num,\d+' 指定值。
文件“/tmp/Snakefile”，第 20 行，在

我怀疑这是由于使用expand.