作为预处理步骤，我需要从包含100 个不同样本（列）的大约 60k 个基因的批量 RNA-seq 数据中选择前 1000 个高度可变的基因（行）。列值已经包含三次的平均值。该表包含 FPKM 中的标准化值（注意：我无权访问原始计数，也无法使用常见的 R 包，因为这些包将原始计数作为输入。） 在这种情况下，选择前 1000 个可变基因？
我尝试使用rowSums()函数过滤掉基因（以删除 rowsums 值较低的基因）并将其从 60k 基因缩小到 10K 基因，但我不确定这是否是选择高度可变基因的正确方法。任何输入表示赞赏。