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尝试使用 Google Genomics，请按照此处的说明进行操作：https ://developers.google.com/genomics/

尝试从 GoogleCloud 控制台设置 OAuth 客户端 ID（第 4 节：身份验证），步骤 c 告诉我：“在 APIs & auth 选项卡上，选择 APIs 并确保 Genomics API 设置为 ON”

...但我在列表中找不到 Genomics API。如何将 Genomics API “添加”到列表中？（我已获准参加 Google Genomics Preview）。

我已经使用 Google Genomics API 大约一天了。我已经成功调用了许多 API，例如 Datasets.list、Datasets.get 甚至 Readsets.search，但我遇到了 Callsets.search 的问题。

我正在发出 POST 请求：

我的请求正文是：

但我得到的回应是：

根据文档：https://developers.google.com/genomics/v1beta/reference/callsets/search datasetIds 是一个完全有效的参数。

让我困惑的疯狂事情是这个相同的请求在readsets/search端点上工作得很好，但不是callsets/search端点？我几乎想知道这是否是 API 中的错误。任何人都可以帮忙吗？

我正在学习处理 VCF（变体调用文件）以生成图表和报告。这是 R 代码，由于我未知的原因而崩溃。请告知如何修复它并告诉适当的教程。

我想测试谷歌基因组学。我有一个项目，我可以从api 开始运行main.py。但是这个文件隐藏在 oauth2client 的底层是如何生成凭据的：

有人可以解释一下代码是什么吗？我怎么能把它转换成没有 argparse 的东西？

我尝试了 google-api 文档的其他解决方案，但重点是我不明白正在做什么，所以我不明白我应该做什么。（我也不完全了解 OAuth2client） 这个答案表明 argparse 是强制性的。但是这种使用 google-api-python-client 的其他方式不要使用它......

我们公司的一些工作要求将云中的数据存储在美国。

对于 Google Cloud，我可以将存储桶位置指定为美国位置。https://cloud.google.com/storage/docs/bucket-locations

但是对于 BigQuery 和 Google Genomics，API 中没有这样的选项。有人知道这些服务的数据存储在哪些国家/地区吗？

我最近使用 Elasticluster（http://googlegenomics.readthedocs.org/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html）在 Compute Engine 上创建了一个 Grid Engine 集群。

我想知道在运行 Grid Engine 的 Compute Engine 虚拟机集群上运行共享内存多线程批处理作业的合适命令是什么。

换句话说，Grid Engine 并行环境的名称（即 pe_name）是什么。

假设我想在 1 个节点上运行一个请求 4 个 CPU 的作业，那么正确的 qsub 命令是什么。

到目前为止，我尝试了以下命令：

qsub -cwd -l h_vmem=800G -pe smp 6 run.sh 无法运行作业：作业被拒绝：请求的并行环境“smp”不存在。

qsub -cwd -l h_vmem=800G -pe omp 6 run.sh 无法运行作业：作业被拒绝：请求的并行环境“omp”不存在。

谢谢您的帮助！

我有一个简单的 python 脚本，它执行以下操作：

是否可以从 Datalab 执行此操作，还是我最好的选择是使用 requests 模块，然后以这种方式构造和发布 http 请求？

只是想知道名称为 dockstore-tool-samtools-index 的 docker 映像是否可在此处“https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index”获得并作为 Google 的输入Genomics API (pipelines.create) 包含基因组工具，例如 GATK/BWA 或 Cromwell。对此的任何帮助将不胜感激。

谢谢。

我对 Google 基因组学 API 很陌生。我正在尝试创建注释。我同时使用了网络版本和 Python API 调用：

这是一个示例注释：

对于这两种情况，我都会收到以下错误：

有什么建议吗？

再来一个观察。

我们可以通过仅提交datasetId和name添加一个变体集；无需指定referenceId，但我们无法创建没有referenceId的注释集。为什么？

顺便说一句，我如何为调用者设置 WRITE 权限？

调用者必须具有关联注释集的 WRITE 权限。

先感谢您！

如何在终端 Linux 中将列转换为行？但更复杂...以下是我的数据示例：

我想将其转换为以下内容：

列中的行ID_animal随相应等位基因发生变化。我该怎么做？但我将使用 55,000 次重复ID_animal。所以，我只想成为 55,000 行和（动物++ number）SNP_Name的列。ChrPosition

谢谢你。