google-api - dockstore-tool-samtools-index 是否已经配置了 GATK/BAM/Chromwell？

Question

只是想知道名称为 dockstore-tool-samtools-index 的 docker 映像是否可在此处“https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index”获得并作为 Google 的输入Genomics API (pipelines.create) 包含基因组工具，例如 GATK/BWA 或 Cromwell。对此的任何帮助将不胜感激。

谢谢。

Answer 1

它似乎不包含那些额外的工具：https ://github.com/CancerCollaboratory/dockstore-tool-samtools-index/blob/master/Dockerfile

以下是检查方法：

1. 在https://dockstore.org/search-containers上找到 docker 容器。
2. 单击感兴趣容器所在行中的“GitHub”链接。
3. 阅读 的内容Dockerfile以查看图像将包含的内容。

Answer 2

Docker 镜像的一个方面是它们通常会尝试只安装一个特定的工具。通过这种方式，图像可以尽可能小，因为它们可以像模块一样使用。

上面 Nicole 提供的 Dockstore 搜索链接中列出了已安装 BWA 的图像。Cromwell 通常会启动 Docker 容器，而不是安装在 Docker 映像上，因为它更多的是工作流管理系统。随时欢迎您使用首选的已安装软件包创建自己的自定义映像，以满足您的需求。

希望能帮助到你，

保罗