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google-api - dockstore-tool-samtools-index 是否已经配置了 GATK/BAM/Chromwell？

只是想知道名称为 dockstore-tool-samtools-index 的 docker 映像是否可在此处“https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index”获得并作为 Google 的输入Genomics API (pipelines.create) 包含基因组工具，例如 GATK/BWA 或 Cromwell。对此的任何帮助将不胜感激。

谢谢。

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singularity-container - 使用奇异性 2.5.2 拉取的 Docker 容器适用于 3.1.1 exec，但如果我使用 3.1.1 拉取则失败

如果我使用奇异 2.5.2 拉取一个 docker 映像，它在 3.1.1 exec 中运行良好：

如果然后我使用 3.1.1 拉取相同的图像并尝试运行它，我会遇到加载共享库的问题，这些是在容器中使用的（而不是像 #3027 中那样通过奇点本身）：

在使用 3.1.1 拉取的容器上，我检查了指示为问题的文件：

当使用 2.5.2 拉取时，这与同一文件夹完全匹配。

我希望使用 3.1.1 提取并使用 3.1.1 执行的图像比使用 2.5.2 提取的图像更好。

链接的 GitHub 问题

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common-workflow-language - Dockstore CWL 输出文件的奇怪行为

我正在使用带有 CWL 的 Dockstore。我想保存我的管道的一些文件。我正在描述这样的输出文件

结果我有这个

  • 在输出目录中我有空目录data_fam
  • 在同一个目录中，我有data.fam文件本身
  • 在我称为dockstore的目录中，我也有data.fam文件

最后一点是可以理解的，因为我看到了

但是为什么我在它之外有空文件夹和文件？


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