问题标签 [singularity-container]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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docker - 是否有“多用户”Docker 模式,例如科学集群?

我想使用 Docker 来隔离科学应用程序,以便在 HPC Unix 集群中使用。科学软件通常具有奇异的依赖关系,因此使用 Docker 将它们隔离似乎是个好主意。这些程序将作为作业而不是作为服务运行。

我想让多个用户使用 Docker,并且用户应该彼此隔离。这可能吗?

我执行了本地 Docker 安装,并且 docker 组中有两个用户。对两个用户的调用docker images显示了相同的结果。

此外,作业应在调用用户的 UID 下运行,而不是以 root 身份运行。

这样的设置可行吗?以前做过吗?这在任何地方都有记录吗?

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docker - 从本地私有 docker 注册表创建 Singularity 容器

从 Docker 映像创建Singularity映像时,如何在本地不安全的私有注册表中正确引用 Docker 映像?

使用 Singularity 2.2.1,尝试使用 specfile:

结果如下:

Singularity 正在对私有注册表上的 HTTPS 做出假设。

谢谢,皮尔斯。

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r - openMPI 和 Singularity 软件容器的必要库?

问题

对于在 HPC 系统上部署奇异软件容器,是否更好

  1. 从主机复制,
  2. 绑定到主机,
  3. 或在引导期间安装

相关的 HPC 库到容器中?如果策略 1. 或 2. 通常是可推荐的,我如何找出哪些库需要复制/绑定以及从哪里/到哪里?

更好可能是指更好的易用性、更好的解决方案稳定性和效率,或更好的解决方案独立性和可重复性。

到目前为止,我主要尝试了策略 3。并且依赖于关于要安装哪些库的错误或警告消息。然而,这并不成功。


背景

容器的最终目标是在 HPC 系统上通过 openMPI 并行运行 R。对我来说,并行运行的最小引导定义文件看起来像这样。

有了这个我可以执行

并收到一些警告消息,但(到目前为止)它有效。警告:

我已经尝试安装包libipathverbs1libmthca1,这将使警告消息消失,但是并行运行失败:

这里建议绑定相关库,但我不确定我需要哪些或哪些其他库,甚至不确定如何找到它(除了非常繁琐的反复试验)。

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meteor - 流星在容器中指定工作目录

我正在尝试在容器中安装流星应用程序(奇点),但是当我启动应用程序时,它想要写入图像的只读部分。是否可以指定与应用程序目录不同的工作目录?或者,从可写目录启动应用程序并指向应用程序安装目录?

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containers - Chroot vs 奇点

我刚开始使用 Singularity 容器。我发现没有使用cgroup。我们可以看到主机的进程。我想知道它与chroot相同。我对么?除了创建容器的简单性之外,Singularity 的优势是什么?

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image - 单点绑定文件

我用我的脚本创建了一个奇点图像。我需要使用带有脚本参数的本地文件运行我的应用程序。为此,我想使用 --bind 参数。如果我尝试这样做,它会很好地工作:

但我想像这样直接运行它:

但这不起作用 - 文件未安装在目标中。如何在运行时挂载文件?

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docker - 如何在 Singularity 中启动容器的命名实例?

我需要使用 Singularity 启动许多容器。

如果我不给他们起名字,就很难跟踪他们。

我可以将他们的 ID 和他们所做的事情之间的对应关系存储在一个外部文件中,但这很麻烦。

docker run --name对于奇点,我需要等效于 , 的东西。

奇点文档没有帮助,联机帮助页中没有任何内容。

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docker - 在 Singularity 中运行 Docker 镜像时绑定端口

我目前正在开发一个分布式图形处理平台,该平台在 docker 容器内维护一个 Akka 集群,并且最近被授予访问大型集群的权限以对此进行测试。不幸的是,这个集群没有运行 docker,只有奇点。

这最初似乎不是问题,因为奇异性支持 docker 映像,但是,由于 Akka 集群的性质,我必须过去几个环境变量并绑定几个端口。例如,系统内的“分区管理器”将使用以下命令运行:

通过查看 Singularity 文档,我可以看到我可以创建一个“Singularity”文件并指定环境变量,但似乎没有任何关于绑定自定义端口的文档。它也没有解释我如何将参数传递给默认入口点(该项目是使用 'sbt docker:publish' 编译的,所以我不确定重新分配它的确切位置)。

即使这是解决方案,由于存在多种参与者类型(以及每种类型的多个实例),因此在文档中指定环境变量和端口似乎需要模板、在运行时创建文件并为每个参与者构建图像。

我确信我完全错过了某个页面,该页面可以很好地将这个 docker 命令转换为等效的奇点,但我就是找不到它。

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docker - 是否可以在奇异容器中运行 slurm 命令?

我想进入一个具有奇点的容器,然后运行 ​​slurm 命令。例如:

然后在其中运行我想要运行我的脚本的脚本:

tf_test 的内容是:

我遇到的问题是容器不知道我在 HPC 中或存在 slurm。是否可以在我们进入容器后才运行 slurm 命令?我对使用sbatch. 使用 srun 然后进入容器是作弊,而不是我想要的。

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docker - 奇点错误:无法将图像装入(只读):参数无效

我尝试从位于 dockerhub 上的 docker 镜像构建奇点镜像。

然后当我尝试执行它时:

它给了我这个错误:

奇点版本:2.3.1-dist

知道如何解决这个问题吗?

谢谢

PS:这是在构建过程中打印的行