问题标签 [openmpi]

Is there a current Java MPI implementation. I have programmed in MPI a bit, and I enjoy programming in Java. I have seen this implementation in Java, but it seems dated. Is there a more up to date Java implementation that is being kept up?

有没有办法在 os X leopard(10.5.6) 上本地运行超过 62 个进程的本地 mpi 作业。当我用 62 个进程运行作业时，它死了

当我用 61 个进程运行它时，它运行良好。

我一直在和一些朋友一起将 Matlab 遗传算法转换为 C++，它目前按顺序工作。Matlab 不再是我们当前代码的一部分。

我们希望在集群上使用它，但资源有点枯竭。我们在大学有一个可用的集群，它配备了 Rocks 和 OpenMPI，但我不确定从哪里开始使用它。

我们目前有 2D 和 3D 阵列设置，其中包含数据，当系统在模型之间进行交叉或交换时，它只是尝试交换 2D 和 3D 阵列的一部分。有哪些好方法可以将这些结构跨多个节点分开？

我有一个用 C++ 实现的程序，现在我想添加 MPI 支持。有一个用于 C++ 的 MPI 绑定，包括命名空间 MPI 和所有内容。

在我的例子中，我有一个特定的对象，它适合作为集群中的并行化进程。

我的问题是：

• 有没有人做过这样的事情？我可以就如何最好地实施这一点获得一些建议吗？
• 如何在构造函数中初始化 MPI？在 Class 的构造函数中初始化 MPI 之后，所有的中间调用也会被并行化吗？

例如：

我对一个简单的 mpi 程序有疑问。这个程序有一些 3D 点，这些点在程序中移动。我通过实现的 c++ 创建了一个简单的代码，然后我尝试添加一个简单的 gui。我使用了 gnuplot 库，但遇到了问题。当我调用 gui 函数时，gui 被创建并同时消失。我的意思是，点对象具有 x、y、z 坐标，并且我有一个包含点对象的数组。我想将它们创建为 gui。你能帮我解决这个问题吗？

谢谢你的帮助..

如果我有一台服务器并且我有两种进程类型 A（许多进程许多线程）和 B（一个进程 n 线程和 n-cpu），我想从 A 发送大量单向消息到 B . 与使用以下自定义实现相比，MPI 是否是更好的实现：

1. Unix 域套接字
2. Windows 命名管道
3. 共享内存

我正在考虑基于 1 和 2 编写自己的库，并且我还想知道 3 是否更好，因为共享内存需要锁定。

进程A对外提供服务，因此B的资源使用和消息传递一般需要消耗尽可能少的资源，而A在发送消息时可以实现阻塞或非阻塞。B 的资源使用和消息传递需要与 A 的使用成线性关系。

我最终也需要机器之间的广播能力。可能用于过程B。

我的离别问题是：MPI（尤其是 openMPI）是否是一个很好的库，它是否在各种操作系统上使用了最优化的内核原语。

我对 SungridEngine 和 MPI（使用 OpenMPI）有一点经验。这些框架/API 和 JPPF 有什么不同？

(1)。我想知道如何使用 MPI 在下面的代码循环中加快耗时的计算？

如代码所示，我想在要与MPI并行的部分之前和之后做一些操作，但是我不知道如何指定并行部分的开始和结束位置。

(2) 我当前的代码是使用 OpenMP 来加速计算。

我想知道我是否改用 MPI，是否可以同时为 OpenMP 和 MPI 编写代码？如果可能，如何编写代码以及如何编译和运行代码？

（3）我们的集群有三个版本的MPI：mvapich-1.0.1、mvapich2-1.0.3、openmpi-1.2.6。它们的用法一样吗？特别是在我的情况下。哪一个最适合我使用？

谢谢并恭祝安康！

更新：

我想多解释一下关于如何指定并行部分的开始和结束的问题。在下面的玩具代码中，我想限制函数 f() 中的并行部分：

但是，预计不会出现运行输出。并行部分之前和之后的 printf 部分已被每个进程执行，而不仅仅是主进程：

所以在我看来，并行部分并不局限于 MPI_Init() 和 MPI_Finalize()。

除了这个，我仍然希望有人能回答我的其他问题。谢谢！

我正在集群上学习 OpenMPI。这是我的第一个例子。我希望输出会显示来自不同节点的响应，但它们都来自同一个节点 node062。我只是想知道为什么以及如何实际从不同节点获取报告以显示 MPI 实际上正在将进程分发到不同节点？谢谢并恭祝安康！

ex1.c

ex1.pbs

编译并运行：

更新：

我想在一个 PBS 脚本中运行多个后台作业，以便这些作业可以同时运行。例如，在上面的示例中，我添加了另一个调用来运行 ex1 并将两个运行都更改为 ex1.pbs 中的后台

(1) 在 qsub 这个脚本与之前编译的可执行文件 ex1 之后，结果很好。

(2) 但是我觉得ex1的运行时间太快了，可能两个后台job没有太多的运行时间重叠，当我将同样的方式应用到我的实际项目中时，情况并非如此。所以我在 ex1.c 中添加了 sleep(30) 以延长 ex1 的运行时间，以便在后台运行 ex1 的两个作业几乎一直同时运行。

但是重新编译和再次qsub之后，结果好像不太对劲。有进程中止。在 ex1.o35571 中：

在 ex1.e35571 中：

我想知道为什么有进程中止？如何在 PBS 脚本中正确 qsub 后台作业？

我正在考虑慢慢学习并行编程。我见过人们使用安装了 OpenMPI 的集群来学习这些东西。我无权访问集群，但有一台四核机器。我能在这里体验到任何好处吗？另外，如果我在虚拟机中运行 linux，那么在虚拟机中使用 OpenMPI 是否有意义？