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我们使用带有Perceus (warewulf) 软件的集群来进行一些计算。该软件包具有wwmpirun准备主机文件并执行的程序（Perl 脚本）mpirun：

我们使用此脚本在多个节点上运行数学程序 (CODE)，通常应该通过 Ctrl+C 停止 CODE，并提供一个带有选项的简短菜单：状态、停止和暂停。但是，使用 MPI 运行时，按 Ctrl+C 会严重杀死 CODE 并丢失数据。

CODE 的开发人员提出了一种解决方法 - 可以通过创建一个名为 的文件来停止程序stop%s，其中%s是 CODE 正在执行的任务文件的名称。这允许停止，但我们无法获得计算状态。有时需要很长时间才能恢复此功能，我们将不胜感激。

您怎么看 - 问题出在 CODE 还是mpirun？

有人能找到一种与 CODE 执行的通信的方法mpirun吗？

更新1

在单次运行中，通过按 Ctrl+C 并status通过输入在提供的菜单中选择选项来获取计算状态s。CODE 在 STDOUT 中打印状态信息并继续进行计算。

我正在尝试通过跨节点拆分工作（第二部分是矩阵）来使用 OPENmpi 处理数组中的数据来运行一些测试。我现在遇到了一些问题，因为每次都在初始化数据数组，我不知道如何防止这种情况发生。

如何使用 ANSI C 创建一个可变长度数组，使用 OPENmpi 一次？我尝试使它成为静态和全局的，但没有。

这些天我正在接近 MPI 世界。我愿意将 Boost MPI 库与 OpenMPI 或 MPICH 一起使用（即使使用 MPICH，由于我读过一些帖子，我仍然不确定它是否能正常工作）。

我真正的问题是：在这两个库和 Boost MPI 之上，是否可以结合 Linux 机器和 Windows 机器的资源？

我还不清楚使用 MPI 是否意味着能够在具有相同操作系统的远程机器上启动进程。原则上 MPI 是一个通信协议之上的消息传递系统，因此在通信时对操作系统没有太大的依赖性。

您是否对这个主题有所了解，或者你们中的一些人已经尝试在 Win 和 Linux 机器上使用 MPI？

谢谢 EO

我在多 CPU/核心机器上使用mpi4py和 openmpi 来做线性代数。我的 numpy 是使用ATLAS构建的。假设我有一台 4 核机器，我想运行一个 4 节点 python 脚本，它使用 numpy 在每个节点上执行线性代数。

如何确保 ATLAS 在每个节点中进行线性代数时不使用多个内核？当我构建 ATLAS 时，似乎没有选择将其配置为一次仅在一个内核上运行。使用 Intel MKL，我认为您可以设置 OMP_NUM_THREADS=1，并且这种行为是有保证的。有没有办法为此目的构建 ATLAS？似乎没有等效的环境变量。

我猜想在多核 CPU 的每个核心上同时运行多个 BLAS 操作并不是一个好策略。任何人都可以对此发表评论或给出经验法则，这是一个好主意还是坏主意？

我正在使用Open MPI. 我正在运行 Snow Leopard 10.6.4，并Open MPI通过自制软件包管理器进行安装。

当我使用 运行我的程序时mpirun -np 8 ./test，每个进程都报告它的等级为 0，并且认为进程总数为 1，并且process rank: 0, total processes: 1向控制台输出了 8 行。

我知道这不是代码问题，因为完全相同的代码将在我大学计算机实验室的某些 Ubuntu 机器上按预期编译和运行。我检查了自制软件的错误跟踪器，没有人报告 Open MPI 包有问题。我不知所措。

我有一个处理数字的 C/C++ 应用程序。它基本上是不同数据集的主循环。我们可以访问具有可用 openmp 和 mpi 的 100 节点集群。我想加快应用程序的速度，但我是 mpi 和 openmp 的绝对新手。我只是想知道即使性能不是最好的，什么是最容易学习和调试的。

我也想知道什么是最适合我的主循环应用程序的。

谢谢

我想知道如果 OpenMPI/MPICH2 集群的一个节点终止会发生什么？是否有某种机制可以容忍这种情况并继续执行？

感谢您的回答海因里希

如何使用 MPI_Comm_spawn 在远程节点上启动工作进程？

使用 OpenMPI 1.4.3，我试过这段代码：

但这会失败并显示此错误消息：

如果我用本地机器的名称替换“node2”，那么它工作正常。如果我 ssh 进入 node2 并在那里运行相同的东西（在信息字典中使用“node2”），那么它也可以正常工作。

我不想用 mpirun 启动父进程，所以我只是在寻找一种在远程节点上动态生成进程的方法。这可能吗？

让我解释。考虑 4 个从节点 1、2、3、4 和一个主节点 0。现在，1、2、3、4 需要向 0 发送数据。0 以以下格式接收此数据。

显然，不能假设 1、2、3 和 4 将数据发送到 0 的顺序（因为它们都彼此独立运行——2 可能在 1 之前发送数据）。因此，假设 2 确实在 1 之前发送了它的数据（例如），在 MPI_Recv 命令中的源标签“proc”与处理器“1”匹配之前，上面显示的 0 中的接收循环不会启动，因为外部 for 循环强制这个排序。

因此，即使已经有来自 2、3 和 4 的数据，循环也会“等待”直到有数据从 1 传入，然后才能执行任何其他操作。如果从 2,3 和 4 传来的数据会发生什么情况在 1 点之前到达？从某种意义上说，一旦来自“1”的数据确实开始到达然后 proc 增加到 2，那么它最初试图从 2 接收的数据就不再存在了，它是否可以被“遗忘”？如果它被“遗忘”，整个分布式模拟就会挂起，因为它永远无法正确处理特定从属进程的数据。

谢谢，本。

我想在 100 节点分布式内存集群中并行化 C 串行代码。该集群由 25 个刀片组成，每个刀片由 infiniband 提供 4 个内核。在我刚刚使用 PBS 在不同节点之间传播程序的几个串行运行之前。现在我想知道：

1. 在这种情况下，OpenMP 或 MPI 或 OpenMPI 的最佳选择是什么（目前我不想尝试混合方法，因为我开始学习）？
2. 我在哪里可以找到示例/教程？
3. 对于带有主 for 循环的简单串行代码，OpenMP/MPI/OpemMPI 总是可以比 PBS 等排队方法执行得更好吗？