问题标签 [openmpi]

嗨，我想学习在 C 中使用 MPI。我在 Windows 7 上使用 Codeblocks

我运行了这个程序：

但由于某种原因，我在“mpi.h”处收到错误消息。有没有办法添加库？

I wrote the C application below to help me understand MPI, and why MPI_Barrier() isn't functioning in my huge C++ application. However, I was able to reproduce my problem in my huge application with a much smaller C application. Essentially, I call MPI_Barrier() inside a for loop, and MPI_Barrier() is visible to all nodes, yet after 2 iterations of the loop, the program becomes deadlocked. Any thoughts?

The output:

I am using GCC 4.4, Open MPI 1.3 from the Ubuntu 10.10 repositories.

Also, in my huge C++ application, MPI Broadcasts don't work. Only half the nodes receive the broadcast, the others are stuck waiting for it.

Thank you in advance for any help or insights!

Update: Upgraded to Open MPI 1.4.4, compiled from source into /usr/local/.

Update: Attaching GDB to the running process shows an interesting result. It looks to me that the MPI system died at the barrier, but MPI still thinks the program is running:

Attaching GDB yields an interesting result. It seems all nodes have died at the MPI barrier, but MPI still thinks they are running:

Update: I also have this code:

And despite the infinite loop, there is only one output from the printf() in the loop:

Any thoughts?

我正在使用 MPI 非阻塞消息在 2 个任务之间进行通信。通信模式如下：每个任务都有一个从其他任务接收消息的主线程。它有 5 个左右的工作线程来进行计算并向其他任务发送消息。主线程循环，测试传入消息。这是它唯一做的事情。

我的问题是，虽然任务 0 瞬间接收到任务 1 发送的所有信息（发送和接收的消息数量大致匹配），但任务 1 只接收到任务 0 发送的消息的大约 1/4。运行一分钟后，有数百个数以千计的未完成消息。

使用 PAPI，我确定任务 1 似乎阻止了测试和 irecv。指令吞吐量仅为 0.03 instr/cycle，而其他任务则 > 0.2，并且在调试器中停止任务表明它正在尝试获取锁。但是，阻塞的接收和测试不是针对“丢失”消息的，而是针对另一类更罕见的消息。

我意识到如果不实际尝试代码，很难说出可能导致这种情况的原因，但我发现 MPI 性能存在如此不对称令人费解。跟不上接收的任务并不是因为缺乏尝试，它实际上是把所有的时间都花在测试传入的消息上。

我正在使用带有 MPI_THREAD_MULTIPLE 的 OpenMPI 1.5.3，并且通信是通过 sm 进行的（这两个任务在同一个节点上）。

任何如何追踪这一点的想法将不胜感激。

我正在尝试在 mac 上安装 mpi4py，但遇到以下错误：

搜索 mpi4py

请注意，我之前安装了 openmpi。

任何机构都知道解决方案是什么？

在大型软件的一部分中，我遇到了 MPI_Allgather 的问题。

下面的函数在每个节点上传递一个不同的双精度和相关标志，然后该函数应该找到全局最小双精度，并将所有节点设置为相应的值。

我目前在 6 个节点上运行它，我发现以下错误仅发生在节点 5（它的 dt 值最小）上：

• 的真实值gathered[0]被替换为gathered[2]
• 的真实值gathered[1]被替换为gathered[3]

我认为这可能与 MPI_COMM_WORLD 有关，因为可能会调用 MPI_Comm_Split(); 但是，到目前为止，我还不明白那部分代码。

有人有想法么？

- 编辑：更新了问题以反映我们实际上需要保留一个也与之相关的标志dt- 这意味着@suszterpatt 建议对我最初的问题很有用，但实际上不会起作用（我不认为）为了这。

我正在使用 eclipse PTP IDE 开发 MPI 代码，我希望能够在 windows 上编译 MPI，它似乎提供了 c++ 和 c 绑定，但我正在使用 fortran 和 gfortran 编译器编写并希望在 windows 中工作，当前的问题在 linux 上不存在，因为可以在 linux 中本地编译库并使用 .mod 模块。

我想使用 cygwin 编译模块，但是 cygwin 上的 GNU gfortran 版本太旧了，我在使用 miniGW 的 windows 上没有成功 openMPI 或 MPICH2

有什么建议么？也许在 fortran 2003 中使用 c++ 绑定，我在 fortran 2003 中编写代码，因此它支持此功能。

缺乏有关此问题的文档。

谢谢你。

我想知道这两个是如何相互关联的。有人可以在这里解释吗？

干杯。

我的应用程序与 LAM/MPI 一起工作，但它与 OpenMPI 一起崩溃。

下面是我的代码的外观。

如您所见，在函数开始时，调用 MPI_Wait，然后进行一些计算，最终在函数结束时调用相应的 MPI_ISend。

每次使用 OpenMPI 运行时，我都会从 MPI_Wait 中不断收到分段错误。

我通过检查函数是否是第一次使用布尔变量*first_time*调用来解决此问题，如下所示。

这里有人知道这个错误吗？

干杯。

通常，当我想用​​ mpicc 编译源代码时，我使用以下命令：

但是，我在编译当前源代码时遇到了一些麻烦，一些段错误。我在一个论坛上发现我的问题是由 openmpi 错误引起的，可以通过添加以下标志在一定程度上解决这个问题：--with-memory-manager=none。带有这个标志的编译命令应该是什么样子。我已经尝试了几种方法，但似乎无法识别该命令。请你帮助我好吗。谢谢

朋友们，我正在努力学习 openMP 范式。我使用以下代码来理解 #omp for pragma。

}

在上面的代码中，#pragma omp parallel 的末尾有一个隐式屏障，这意味着所有线程 0、1、2、3、4 必须到达那里才能进入下一条语句。

所以，为了检查这个障碍，我在条件 if(tid!=0) 中包含了这个“pragma for”，这意味着除了线程 0 （即 1、2、3、4）之外的所有线程都应该在循环中完成它们的工作并等待线程 0无限期地。但是，令我惊讶的是，这并没有发生。每个线程都在进行迭代并成功完成。即 t1 完成迭代 5,6,7,8 ---- t2 完成 9,10,11,12 ---- t3 完成 13,14,15,16 和 t4 完成 17,18,19,20。请注意：迭代 1、2、3、4 从未完成。

为了更深入地挖掘，我在 tid!=1 中包含了相同的 #pragma for in tid!=1，而不是 tid!=0，意思是 thread0，thread1 绕过了障碍。令我惊讶的是，程序现在挂起，所有线程都在等待 thread1。

有人可以告诉我这种意外行为的解释。挂起的最终代码：

}

我尝试设置我共享或私有，但它并没有改变程序的行为。