问题标签 [boost-mpi]

我正在研究 HPC。并且在那台 HPC 上安装了旧版本的 Boost，并且该 boost 库没有 Boost.MPI。我要求管理员将其安装在 HPC 上。但他们要求我将其安装在我的主目录中。所以我在我的主目录上安装了 boost 和 boost.mpi。Boost 库似乎工作正常。但是，当我尝试使用以下命令运行以下代码时，出现错误。

测试代码：

构建命令：

我得到以下错误尖叫：

如果有人能提供帮助，我将不胜感激。

在尝试运行boost::mpi 教程中的第一个示例时，我无法在两台以上的机器上运行。具体来说，这似乎运行良好：

主机名中的每个主机名都为<node_name> slots=2 max_slots=2. 但是，当我将进程数增加到 5 时，它就会挂起。当我超过 2 台机器时，我将slots/的数量减少到 1，结果相同。max_slots在节点上，这显示在作业列表中：

此外，当我杀死它时，我会收到以下消息：

集群设置为在 NFS 安装的驱动器上可访问的mpi和库。boost我是否遇到了 NFS 的死锁？或者，还有其他事情发生吗？

更新： 需要明确的是，我正在运行的提升程序是

根据@Dirk Eddelbuettel 的建议，我编译并运行了 mpi 示例hello_c.c，如下

它在具有多个进程的单台机器上运行良好，这包括进入任何节点并运行。每个计算节点都与通过 NFS 从远程机器挂载的工作目录和 mpi/boost 目录相同。当从文件服务器运行 boost 程序时（与一个节点相同，除了 boost/mpi 是本地的），我可以在两个远程节点上运行。但是，对于“hello world”，运行mpirun -H node1,node2 -np 12 ./hello我得到的命令

而所有的“Hello World's”都被打印出来并挂在最后。但是，从远程节点上的计算节点运行时的行为不同。

当从 node2 运行时，“Hello world”和 boost 代码都会挂起，mpirun -H node1 -np 12 ./hello反之亦然。（挂起与上述相同的意义：orted 正在远程机器上运行，但没有回通信。）

该行为不同于在 mpi 库位于本地的文件服务器上与在计算节点上运行的行为不同，这表明我可能遇到了 NFS 死锁。这是一个合理的结论吗？假设是这种情况，如何配置 mpi 以允许我静态链接它？此外，我不知道如何处理从文件服务器运行时遇到的错误，有什么想法吗？

我想分配一个具有重叠元素的向量。例如，如果我有 [1,2,3]，我希望 [1,2] 被发送到一个节点，而 [2,3] 被发送到另一个节点。我熟悉如何使用 MPI 来做到这一点，但我将如何使用 Boost::MPI 来做到这一点？

我正在搜索用于configure.ac检查 Boost MPI 的 autoconf 宏。

在互联网上找到其中的几个并不难，但我尝试过的一个都没有按预期工作。

ax_boost_mpi.m4你用什么？

编辑：我会更好地解释我的要求。我需要宏来告诉我 Boost MPI 是否可用（定义HAVE_BOOST_MPI）以将编译器和链接器标志存储在某处并将编译器从普通 c++ 编译器切换到可用的 mpiCC 或 mpic++。

如果未找到 Boost MPI，我希望能够选择是否要停止配置过程并出现错误或继续使用 g++ 而未定义 HAVE_BOOST_MPI。

另外，它应该定义一个 MPIRUN 变量以允许运行一些检查。

I have some parallel code (implemented using MPI) that needs to be documented. I'd like to have a flow-diagram describing it's high-level strategy.

What kind of diagram do you use to describe send, receive, broadcast, gather, reduction and other operations?

(EDIT: I'm equally interested in Linux/LaTeX software to do them)

我完全是多核编程的新手，但我确实知道如何编程 C++。

现在，我正在寻找多核编程库。我只是想尝试一下，只是为了好玩，现在，我找到了 3 个 API，但我不确定我应该坚持哪一个。现在，我看到了 Boost 的 MPI、OpenMP 和 TBB。

对于任何使用过这 3 个 API（或任何其他 API）的人，您能告诉我它们之间的区别吗？是否有任何因素需要考虑，例如 AMD 或 Intel 架构？

我正在尝试使用 Boost MPI 运行程序，但问题是我没有 .lib。所以我尝试按照http://www.boost.org/doc/libs/1_43_0/doc/html/mpi/getting_started.html#mpi.config上的说明创建一个

指令说“对于许多使用 LAM/MPI、MPICH 或 OpenMPI 的用户，配置几乎是自动的”，我在 C:\ 中得到了自己的 OpenMPI，但我没有用它做更多的事情。我们需要对它做些什么吗？我还在 Program Files 中找到了自己的 MPICH2，也没有对它做任何事情。在指令的这一点上，我非常不确定我们到底要做什么。

除此之外，指令中的另一条语句：“如果您的主目录中还没有文件 user-config.jam，请将 tools/build/v2/user-config.jam 复制到那里。” 好吧，我只是按照它说的去做。我在 C:\boost_1_43_0> 中找到了自己的“user-config.jam”以及“使用 mpi；” 到文件中。

接下来，这就是我所做的： bjam --with-mpi

我看到 C:\boost_1_43_0\stage\lib 中有很多库，但我根本看不到 libboost_mpi-vc100-mt-1_43.lib 或 libboost_mpi-vc100-mt-gd-1_43.lib 的痕迹。这些是在 mpi 应用程序中链接所需的库。

没有构建库时可能会出现什么问题？

我正在按照这些说明尝试构建 Boost MPI.lib文件，但遇到了一个问题：我没有mpic++.

查看 MPICH 和 Open MPI 等 MPI 实现文件，我发现根本没有mpic++包含在内。

我在哪里可以找到mpic++？

我想使用 boost Mpi 发送我的 Array 类

这里T可以是任何内置类型或用户定义类型。假设我有一个类复合体

所以问题是如何Array<complex>使用 Boost::Mpi + 序列化发送。

感谢期待 问候诺曼

这些天我正在接近 MPI 世界。我愿意将 Boost MPI 库与 OpenMPI 或 MPICH 一起使用（即使使用 MPICH，由于我读过一些帖子，我仍然不确定它是否能正常工作）。

我真正的问题是：在这两个库和 Boost MPI 之上，是否可以结合 Linux 机器和 Windows 机器的资源？

我还不清楚使用 MPI 是否意味着能够在具有相同操作系统的远程机器上启动进程。原则上 MPI 是一个通信协议之上的消息传递系统，因此在通信时对操作系统没有太大的依赖性。

您是否对这个主题有所了解，或者你们中的一些人已经尝试在 Win 和 Linux 机器上使用 MPI？

谢谢 EO