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我正在 OS X 上使用 Netbeans 进行 C 开发，但我的项目无法构建，并指出“...Open MPI 的此安装未在 Fortran 90 支持下编译”

我已经安装了更新的 gcc 和 Open MPI（与默认版本一起），我可以通过命令行上的 make 使用它们进行构建。这让我相信 Netbeans 正在使用默认的 Open MPI 安装（它没有 fortran 支持）。如果我是正确的，我如何让它使用新安装？我通过工具集合管理器（文件->项目属性->构建->工具集合->[...]）告诉 Netbeans 其他编译器。但是，我不知道如何告诉它有关 Open MPI 的信息。

我mpirun在 OS X 上以单机模式使用时遇到问题。使用运行我的程序时，mpirun -np 5 my_program我得到以下错误输出：

显然，默认情况下mpirun用于rsh连接到机器。我尝试ssh改用，但没有帮助：

然后，我尝试使用共享内存 ( sm) BTL，但也无济于事：

最后，我尝试使用机器文件来指定我只想使用localhost，这也没有帮助：

在这里，machinefile.local仅包含localhost（单个）第一行。

在上述所有情况下，我都会收到上述超时错误。

另外，我确认我的 Mac OS X 防火墙没有运行，我可以通过 ssh 进入我的机器。

我在使用 MPI_Barrier 的 OpenMPI 实现时遇到了一些同步问题：

对于 mpirun -n 2 ./a.out

输出应该是：P0 P1 ...

输出有时是：再次 P0 P0 再次 P1 P1

这是怎么回事？

我是 HPC 新手，手头的任务是在一个集群上对 MPICH 和 OpenMPI 进行性能分析和比较，该集群由运行在 ClusterVisionOS 上的配备双核 AMD Opteron 处理器的 IBM 服务器组成。

我应该选择哪个基准程序来比较 MPICH 和 OpenMPI 实现？

我不确定高性能 Linpack Benchmark 是否可以提供帮助，因为我没有尝试测量集群本身的性能.. 请建议..

谢谢

我有两个问题-

Q1。除了检查点/回滚之外，还有更有效的方法来处理 MPI 中的错误情况吗？我看到如果一个节点“死亡”，程序会突然停止。有没有办法在节点死亡后继续执行？（如果以准确性为代价，则没有问题）

Q2。我在“http://stackoverflow.com/questions/144309/what-is-the-best-mpi-implementation”中读到，OpenMPI 具有更好的容错性，最近 MPICH-2 也提出了类似的功能..有人知道它们是什么以及如何使用它们吗？是“模式”吗？他们可以在第一季度所述的情况下提供帮助吗？

请回复。谢谢你。

我正在尝试在具有 Corei7 处理器的 iMac 上使用 OpenMPI 从 MIT构建meep 。我使用 macport 安装了 OpenMPI。

我还用 OpenMPI 安装了 hdf5。

现在，当我尝试使用 mpi 编译 meep 时--with-mpi，meep 无法编译并给出以下错误消息。

我不明白出了什么问题。我正在按照 meep 网站上的说明进行操作。并行 Meep和Meep 安装

请帮忙。

我在 MPI 中使用非阻塞通信在进程之间发送各种消息。但是，我似乎陷入了僵局。我使用 PADB（请参见此处）查看消息队列并得到以下输出：

这似乎表明发送已完成，但所有接收都处于挂起状态（以上只是标记值为 16 的日志的一小部分）。然而，这怎么可能发生呢？如果没有相关的接收完成，发送肯定无法完成，因为在 MPI 中，所有发送和接收都必须匹配。至少我是这么认为的……

任何人都可以提供任何见解吗？

我可以提供我用来执行此操作的代码，但是无论调用它们的顺序如何，Isend 和 Irecv 肯定都应该工作，假设 MPI_Waital 在最后被调用。

更新：代码在这个要点上可用

更新：我对代码进行了各种修改，但仍然不能正常工作。新代码是相同的 gist，我得到的输出就是这个 gist。我对此代码有很多疑问/问题：

1. 当我在它之前有一个 MPI_Barrier() 以确保在打印之前完成所有工作时，为什么最终循环的输出（打印所有数组）与其余输出穿插在一起？

2. 从 0 级发送到 0 级是可能/明智的 - 可以吗？（当然，假设发布了正确的匹配接收）。

3. 我在输出中得到了很多非常奇怪的长数字，我认为这是某种内存覆盖问题或变量大小问题。有趣的是，这一定是由 MPI 通信引起的，因为我将 new_array 初始化为 9999.99 的值，而通信显然导致它被更改为这些奇怪的值。任何想法为什么？

总体而言，似乎发生了一些转置（矩阵的位似乎被转置了......），但绝对不是全部 - 正是这些奇怪的数字即将出现让我最担心！

我正在尝试使用 C 中的 MPI 转置矩阵。每个进程都有一个方形子矩阵，我想将其发送到正确的进程（网格上的“相反”进程），并将其作为通信的一部分进行转置。

我正在使用MPI_Type_create_subarraywhich 有一个订单参数，MPI_ORDER_C或者MPI_ORDER_FORTRAN分别是行优先和列优先。我认为如果我作为其中之一发送，作为另一个接收，那么我的矩阵将作为通信的一部分被转置。然而，这似乎并没有发生 - 它只是保持非转置。

代码的重要部分如下，整个代码文件可在此 gist中获得。有谁知道为什么这不起作用？这种转置方法应该起作用吗？MPI_ORDER_C在阅读了and的描述后，我本以为会的MPI_ORDER_FORTRAN，但也许不是。

在运行时决定广播者的情况下，如何进行 MPI_Bcast？在这种情况下如何指定根节点？

我正在尝试在数组中搜索不同的数字。如果一个节点找到该号码，那么它应该将其位置广播给所有其他节点。但是，由于我事先不知道查找器，因此“根”值应该是什么：

除了 MPI_ERROR_RETURN 和 MPI_ERRORS_ARE_FATAL 之外，在 OpenMPI 和 MPICH 中是否实现了任何错误处理程序？哪个实现在处理错误方面更好？请建议一个链接以获取有关相同信息的更多信息..