问题标签 [openmpi]

嗨，任何人都可以为我提供一个从 C++ 调用 ScaLAPACK 的示例 Makefile，我遇到了困难。

我正确编译了最新版本，并通过了所有测试。我在 Fedora 上使用 GCC 和 OpenMPI 编译它，我还尝试使用存储库中的预构建二进制文件，但没有成功。

我有 mpi 程序在集群上的几个进程之间分配大数组。

每个进程计算自己的数组元素总和并将结果返回给主机。

我想对每个进程的数组元素运行并行前缀扫描。

任何想法是否可以使用 CUDPP。?

有没有人一起使用过openmpi和cudpp？

我正在学习在 Linux 中创建共享库，随后开发并行科学计算程序。我从这里获取了共享库的玩具示例。我修改了这个问题的 Makefile以适应玩具示例。我的 Makefile 现在是

当我CC = gcc在 Makefile 中使用时，一切正常。即使使用 mpirun，我也可以运行二进制文件。

当我CC = mpicc在 Makefile 中时，我收到以下错误。

我将 libpthread.so、.a 的路径添加到 LD_LIBRARY_PATH，但无济于事。我有一个自编译的 openmpi-1.5.4。如果这是一个 openmpi 依赖项，那么我配置它时不应该已经解决了吗？

这个错误熟悉吗？我正在使用带有 gcc 4.5.2 的 Ubuntu 11.04。我已经成功构建并运行了一些 mpi 并行程序。但它们是配置了自动工具的大型软件包。config.log 之一显示相同的错误。但即使那个运行良好。

对使用 mpi 创建静态/共享库的参考/示例也将不胜感激（尽管 Openmpi 不鼓励完全静态库。）

非常感谢你，

艾伦。

我正在编写一个简单的代码来学习如何定义 MPI_Datatype 并将其与 MPI_Gatherv 结合使用。我想确保我可以在一个进程上组合可变长度、动态分配的结构化数据数组，这似乎工作正常，直到我调用 MPI_Finalize()。我已经确认这是通过使用打印语句和 Eclipse PTP 调试器（后端是 gdb-mi）开始出现问题的地方。我的主要问题是，我怎样才能摆脱分段错误？

每次运行代码时都不会发生段错误。例如，2 或 3 个进程不会发生这种情况，但当我使用大约 4 个或更多进程运行时往往会定期发生。

此外，当我使用 valgrind 运行此代码时，不会发生分段错误。但是，我确实收到了来自 valgrind 的错误消息，尽管当我使用 MPI 函数时输出对我来说很难理解，即使有大量的目标抑制也是如此。我还担心如果我使用更多的抑制，我会忽略一个有用的错误消息。

我使用这些标志编译正常代码，因此在这两种情况下我都使用 C99 标准：-ansi -pedantic -Wall -O2 -march=barcelona -fomit-frame-pointer -std=c99 和调试代码：-ansi -pedantic -std=c99 -Wall -g

两者都使用 gcc 4.4 mpicc 编译器，并在使用 Red Hat Linux 和 Open MPI v1.4.5 的集群上运行。如果我遗漏了其他重要信息，请告诉我。这是代码，在此先感谢：

我试图弄清楚实际的进程通信是如何在 MPI 通信器内部发生的。我有 8 个节点，每个节点有 12 个核心（运行 96 个实例）。每个进程都分配了唯一的等级，并且进程能够相互通信。那么进程如何获得唯一的排名并设法发送实际消息呢？根据一些幻灯片，有开放运行时环境 (ORTE)，它“位于在该单元上启动进程的机器上。（例如，集群的前端）。负责在单元上启动进程。监控单元健康（节点、进程）。将单元状态报告给宇宙的其余部分。在单元之间路由通信。” 我还没有找到任何 MPI 实现的开发人员文档和/或架构论文。任何人都知道如何实现 MPI 进程之间的实际通信，即他们如何设法找到自己并获得分配的等级？是否有一个中央或多个中央 MPI 内部流程用于路由（例如，每个节点）？

谢谢，大卫

我正在尝试使用 openmpi 编译程序，但我的代码没有给出任何错误，而是 mpi 标头之一：

标题中的相关代码行简单地读取：

我正在使用 mpiCC 编译器。难道我做错了什么？或者这是openmpi中的错误？

提前致谢。

我目前正在构建一个小型实用程序库，作为一个更大项目的一部分。OpenMPI 有一个有据可查的 API 库，但是当涉及到节点之间的较低级别的通信时，我有点困惑。我知道在编写你的算法时，你将它分布在所有预计进行计算的节点上，每个节点都与其余节点进行通信，根据它们的“全局”MPI 等级（如算法中定义）执行算法的一部分，以及所有节点来回同步。但是，我将 global 放在引号中的原因是，openMPI 是否在 ip 级别进行通信，因此说我已经有一个长时间执行的算法，但是如果我执行我的 MPI，有一个节点处于空闲状态，没有运行任何 MPI 进程算法，它会加入 MPI_COMM_WORLD 并成为整个网络拓扑的一部分，还是我需要做一些“巫术”来使该节点成为 MPI_COMM_WORLD 的一部分。另外，如果节点可以成为该特定算法的 MPI_COMM_WORLD 的一部分，我如何注册/识别这个新节点？

任何阅读参考资料也很有帮助。

非常感谢！

tl; dr MPI 节点是否可从 MPI_COMM_WORLD 热交换？

我有一个 MPI 应用程序，它当前有一个进程（称为它A），这会导致可伸缩性的严重问题。目前，所有其他进程都在MPI_Recv等待那个进程向它们发送信息。

由于我现在想以尽可能少的努力加快速度，因此我正在考虑使用 OpenMP 并行化进程A。这实用吗？

由于与共享一个节点的其他进程A都在一个中MPI_Recv，我可以利用该节点的所有资源来处理进程A，还是会MPI_Recv阻止这种情况？

使用 OpenMP 的另一个好处是内存可以共享，因为进程A需要很多时间。

顺便说一句，如果我的处理器在等待MPI_Send而不是等待，它会改变什么MPI_Recv吗？

我有这个数组 [1 2 3 4 5 6 7 8 9]，我正在对其执行扫描操作。

我有 3 个 mpi 任务，每个任务都有 3 个元素，然后每个任务计算其扫描并将结果返回给主任务

现在任务 0 得到所有结果 [1 3 6] [4 9 15] [7 15 24]

我如何结合这些结果来产生最终的扫描输出？

数组的最终扫描输出为 [1 3 6 10 15 21 28 36 45]

谁能帮帮我？

我需要编写一个 MPI 程序，它只需要在不同的集群节点上启动几个进程。这是我的示例代码。

它成功启动进程，但 MPI 应用程序不会自行终止。即使在调用 MPI_Finalize() 之后它也会等待；。

这段代码有什么问题？我需要做什么才能让 MPI 程序启动一些其他应用程序，但不应该等待任何事情。

谢谢你，问候，机器人。