问题标签 [singularity-container]

我正在尝试构建一个能够运行我编写的 Julia 应用程序的奇异容器。

我是根据包含 Julia 1.2 的官方 docker 映像来执行此操作的。这是我的定义文件：

%post当我尝试julia实例化项目时，构建在该阶段失败：

如果我使用相同的 docker 映像来构建“沙盒”容器 ( singularity build --sandbox <the folder> docker://julia:1.2-buster)，并通过 使用它singularity shell --writable <the folder>，我可以作为普通用户执行此项目实例化步骤，并且它似乎可以工作。

如果我以 root 身份尝试，则会发生相同的ERROR: Package FASTX [c2308a5c-f048-11e8-3e8a-31650f418d12] not found in a registry.错误。

如果（在该可写沙箱中仍以 root 身份），我尝试在 REPL 中执行相同的问题：

这是在系统范围内安装 Julia 应用程序的正确方法吗？

（或多或少在我尝试https://discourse.julialang.org/t/julia-packages-with-singularity/19883/8的早期步骤中交叉发布，还没有答案）

编辑（2019 年 9 月 23 日）

感谢@David Varela的回答，使用Pkg.Registry.add(Pkg.RegistrySpec(; url="https://github.com/JuliaRegistries/General.git")); Pkg.Registry.add(Pkg.RegistrySpec(; url="https://github.com/BioJulia/BioJuliaRegistry.git"));我现在有一个工作定义文件：

但是，生成的图像需要一个对于我们的计算集群来说太新的内核。

因此，我想尝试基于 构建类似的图像，但在Julia 1.1 之前不存在docker://julia:1.0-stretch注册表操作 API 。Pkg

是否有替代 1.0 兼容的方式来获取丢失的注册表？

自我回答：

我发现注册表可以使用git“手动”获取，如下：

（在上面，我使用 root 的.julia目录，因为 root 是构建和安装应用程序的目录。）

需要注意的是：应用程序的实例化和构建可以在没有Manifest.toml文件的情况下继续进行。我发现了这一点，因为我试图删除这个文件作为尝试删除包的版本限制的一部分。

我正在尝试构建一个安装了 nextflow 的奇异容器。完成构建后，我将其安装在目录中，并将其安装为 ROOT。当我尝试运行容器时，它失败了，因为我不是 root。我查看了最佳实践，它说以下内容：

始终将包、程序、数据和文件安装到操作系统位置（例如，不是 /home、/tmp 或任何其他可能经常绑定的目录）。

我的定义文件：

运行它让我“权限被拒绝”我正在运行奇点 3.4.0-1

不确定我是否应该考虑使用绑定路径、叠加层或其他东西？

我正在尝试提取 docker 映像，但必须使用奇异性。我怎样才能做到这一点？这是我正在运行的脚本。

我得到的错误是ERROR: Unknown option: --build-arg ERROR: Unknown option: -it.

任何帮助，将不胜感激。我是使用奇异容器而不是 docker 的新手

我使用奇异容器（从定义文件构建）来构建我的项目的代码。我使用它的方式是运行容器，singularity shell my_container.sif使我的工作空间安装在容器中，然后运行命令以在那里构建。

为了使构建工作，我首先需要获取一个配置文件来设置环境，创建一些别名等。这个配置文件是容器的一部分。所以目前在容器内我执行以下操作：

我想知道/setup.bash当我使用singularity shell. 我尝试使用%environment定义文件中的部分，但似乎无法在那里创建别名。

我开始学习 Singularity 以对科学管道进行可重复分析。一位同事解释说，图像用于实例化容器。但是，在阅读文档和教程时，instance也使用了该术语，并且使用imageandcontainer似乎可以互换。所以，我不确定我是否完全理解图像、容器和实例之间的区别。我确实知道食谱是用于构建其中一个的文本文件（我认为是图像？）。

例如，在此页面上，它解释了：

现在我们可以将定义文件构建成图像了！只需运行build ，图像就可以使用了：

好的，所以这使用配方Singularity来构建图像，直观的扩展名为.img. 但是，build命令的帮助描述指出：

$ 奇点帮助建立

用法：singularity [...] build [build options...]

build 命令根据配方（定义文件）或基于 URI、位置或存档编译容器。

所以这似乎表明我们正在构建一个容器？

然后，有image和instance子命令。

所有这些术语可以互换使用吗？有时它们似乎是，有时它们之间存在差异。

我正在尝试从以下Dockerfile（构建命令：）在 Docker 容器中运行 Singularity 容器docker build -f ./Dockerfile -t rocker-singularity .：

使用命令：

但我得到错误：

我搜索了很多并发现了这个问题，但提出的解决方案不起作用。你能帮忙吗？

我有一个def文件来构建一个容器（在 Vagrant VM 中）。如果我构建为沙盒：

然后构建完成。但是，如果我直接构建到容器：

然后我得到一个错误：

如果我尝试将沙箱转换为容器：

然后我得到同样的错误。

文档没有说明构建与沙箱所需的空间量。我可以增加 Vagrant VM 的大小，但最好知道我应该增加多少以确保构建成功

我正在尝试构建一个奇异容器，以在基于 CentOS 7 的集群上运行 Python 脚本。容器在我的主机上按预期运行，我也用它来创建容器，但一旦导入 PyTorch，就会在集群上失败。

这个问题可以通过这个最小定义文件的容器构建来重现：

调试.def：

它是用sudo singularity build debug.sif debug.def. 容器和我的主机都在 Arch Linux 上运行。

在我的主机上执行容器输出 PyTorch 版本：

在集群上运行它会导致以下错误：

我不明白为什么找不到该文件，因为它应该包含在容器中：

我假设导入时搜索中不包含相应的路径，并且由于某些环境设置泄漏到容器中，因此我的主机上不会出现此问题。我也尝试使用Sylabs Remote Builder，但它似乎无法构造 Arch 容器（在 $PATH 中找不到pacstrap ）。尝试在其中一个节点上构建容器会导致同样的问题；Pacstrap和pacman不可用。

我束手无策，非常感谢任何解释这种行为的提示！为什么找不到共享库，怎么可能修复？

更新#1：

这是 LD_LIBRARY_PATH 环境变量的内容（响应@tsnowlan）。

Arch Linux 主机：

CentOS 7 集群节点：

更新#2：

我确实设置了一个新的干净的 VM（也运行 arch），它也在那里重建了容器。这个容器显示了同样的问题；它在我的主机上运行，​​但不在 CentOS 7 集群上。

我对容器空间非常陌生，在学习了一些教程之后，我试图让我自己的奇点容器启动并运行。

我的食谱如下：

我试图弄清楚如何将下载的二进制文件添加到可执行路径中。我希望帖子部分中下载的文件会显示在容器内的 /home/ 或类似文件中，但是当我使用singularity shell myImage.simg.

我想要一些关于使用什么词汇来描述以下内容的建议。拥有正确的词汇将使我能够搜索与概念相关的工具和想法

我想说一个脚本是 SomeWord 如果无论它在哪里运行，它都会产生相同的输出。

例如，以下脚本不是SomeWord：

因为当然这取决于它在哪里执行。

而以下（如果它运行没有错误）预计将始终产生相同的输出：

一个更有用的示例是加载和运行 docker 或奇异容器的方式，以保证正在使用非常特定的容器映像。例如，通过其内容哈希检索奇点图像。

SomeWord 脚本的优点是：(a) 它们可以在远程系统上安全运行，而无需担心环境；(b) 它们的输出可以被缓存。