问题标签 [singularity-container]

我想停止一个正在运行的奇异容器，类似于我如何停止一个 docker 容器：

我正在像这样运行 Singularity：

谢谢！马蒂亚

我是奇异性的新手，我想myenv在奇异性配方中激活一个 conda 环境 ()，以便在其中安装一个包 ( mypkg)。我已经阅读了一些相关的帖子，但答案并没有解决我的问题，尽管问题非常相似（在 Nextflow 中执行 Singularity 容器时激活 conda 环境，如何在 Singularity 配方中激活 Anaconda 环境，从Nipype docker 构建 Singularity 配方图像 CommandNotFound）。你能帮我找到我错过的东西吗？

在我的情况下，myenv当我执行容器时会自动激活，但在构建容器以安装时我没有成功激活它mypkg。我没有任何错误消息，但软件包安装在基本环境中，而不是myenv.

我正在尝试使用奇点构建图像。在一个步骤中，我必须运行一个 R 脚本来执行此操作，在我需要安装 R 的配方文件中，我使用以下命令进行了安装：

我使用以下命令运行配方文件：

但是在运行它之后，在某些时候它会问我我所在的时区，这是消息：

我使用名称和数字选择了其中之一，但没有进行构建。你知道我该如何解决这个问题吗？

背景： 我已经在 Singularity 容器中成功创建了基于 MPI 的应用程序，并使用 Singularity 文档推荐的混合模式执行它们。这要求我在容器和主机 O/S 上都安装了“兼容”版本的 MPI。如果我要跨多个节点运行作业，我理解为什么这是必要的。

但是在我们的用例中，我们的互连速度很慢，因此我们在多个节点上运行作业几乎没有意义。混合模式迫使我跟踪每个容器中内置的每个 MPI 版本，这些容器可能曾经用于确保主机 O/S 上可用的正确 MPI。我首先使用容器的全部原因是为了避免不得不处理这种版本依赖的麻烦。

我的问题： 如果我对 MPI 应用程序只能在单个物理节点内执行的限制感到满意，有没有办法让我在 Singularity 容器中构建 MPI 应用程序，而不依赖于在主机上安装任何东西 O /S？

我想将已经构建的容器从一台机器移动到另一台机器。将容器从一个环境迁移到另一个环境的正确方法是什么？

我可以在这里找到image.export 命令，但这是针对旧版本的软件。我使用的是 3.5.2 版。

我要导出的容器是一个--sandbox容器。这样的事情可能吗？

我使用不需要任何绑定所需主机路径的奇点图像，即

就像在我的主机系统中的“input_file”上的任何其他命令一样工作，也使用“-o”中的相对路径。

我对 Singularity 及其行话不太满意，无法理解它是如何制作的。

• 配置完成了singularity.conf吗？
• 这个功能怎么称呼？（是“MOUNT HOSTFS”吗？）

我想从 dockerfile 构建奇异容器。

我已经从 docker hub 提取并运行了 docker 镜像，具有奇异性。

我还从奇异配方文件构建了图像。

但我想从 dockerfile 构建奇点图像。

任何人都知道该怎么做。可能吗 ？？？

从几天前开始，我每 1-2 个月就使用 Ubuntu 16.04 创建新的 Singularity 容器，并一直使用它在我们的集群（CentOS 7）上运行我的 Python 脚本。但是，在使用新操作系统（Ubuntu 18.04 而不是 16.04）制作新的 Singularity 容器并安装最新的 Python 3.7 版本后，由于出现 Python 导入错误，我无法再在集群上运行我的 Python 脚本。

供您参考，以下是我安装 Python 3.7 的方式：

以下是我使用 Singularity 容器运行脚本的方法： singularity exec --nv -B /om:/om /mySingImgUbuntu18.sif python3.7 main.py

main.py简单的在哪里import numpy。

如上所述运行我的脚本会给我在新的 Python3.7 中安装的包的 Python 导入错误，就好像 Singularity 正在使用 Python3.7 的另一个安装（不存在，因为 18.04 的默认 Python 版本是 3.6.9位于/usr/bin/python3)。这是我得到的错误：

ModuleNotFoundError：没有名为“numpy”的模块

当我使用execor时shell，which python3.7我得到以下信息。只是为了让事情清楚，虽然很明显，但在使用execI do时singularity exec --nv -B /om:/om /mySingImgUbuntu18.sif which python3.7：

/usr/bin/python3.7

这是正确的路径，但我的脚本未在exec模式下运行并引发 Python 导入错误。如果我进入容器并运行或者/usr/bin/python3.7进入python3.7交互模式然后导入一切正常。做/usr/bin/python3.7 -c 'import numpy'也行。所以现在我很困惑为什么在exec模式下会发生这种情况......。

此外，添加sys.path并main.py运行我的脚本通过exec返回以下显示正确路径的内容：

['/om/user/arsalans/Occluded-object-detector', '/usr/lib/python37.zip', '/usr/lib/python3.7', '/usr/lib/python3.7/lib- dynload'，'/usr/local/lib/python3.7/dist-packages'，'/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/bayesian_optimization-0.6.0-py3.7.egg'，' /usr/local/lib/python3.7/dist-packages/torchvision-0.6.0a0+6c2cda6-py3.7-linux-x86_64.egg', '/usr/lib/python3/dist-packages']

执行ls /usr/local/lib/python3.7/dist-packages显示以下内容，表明打印的路径都是正确的：

有人可以告诉我我做错了什么，我应该怎么做才能解决这个问题？

以下是关于 Singularity 和我正在使用的操作系统版本的更多信息：

奇点版本：3.5.0，从源安装

更新

在第二次构建我的容器后，这个问题神奇地解决了！

我创建了一个局部奇点图像，例如：

但是我通过运行得到了两个警告singularity shell

/data/github/singularity当前目录在哪里。

我想知道为什么要跳过目录进行挂载（如果我正确理解警告）。一些建议？

我正在构建一个使用snakemake和使用环境的管道conda，singularity以确保可重复性。我遇到了一个错误，我的地块上的文本被矩形替换

在 Linux 和 Mac 系统上试验管道并禁用奇异容器后，问题似乎源于缺少字体库，因为当我在 Mac 上仅使用conda( ) 运行管道时，文本绘制正常。--use-conda

奇点容器是从这个使用 Debian GNU/Linux的miniconda docker镜像构建的。我设法创建了一个不会绘制文本的最小示例管道。

要绘制断线图，请运行管道

在 Debian GNU/Linux 上使用 R 正确绘制文本可能会缺少哪些包/库？