问题标签 [singularity-container]

我一直在尝试在我的容器中设置一些别名，但我无法成功。在构建我放入的容器alias python3=python3.6时%post，一切正常；别名已正确声明并在整个容器构建过程中使用。

但是，在构建容器并执行它之后，使用singularity exec中的别名声明%environmentor%runscript不起作用。我还尝试将别名声明命令放在容器中的 bash 脚本中并运行 bash 脚本，但它仍然不起作用。基本上，我认为我看起来像Docker 中的ENTRYPOINT for Singularity。有谁知道我做错了什么以及如何在容器中设置别名？

我正在使用奇点 2.6。

这是我正在使用的定义文件：

根据您使用C-p C-q或C-ad大部分时间工作的容器类型，但似乎并不能优雅地分离容器。

所以我想吐出一个Windows.iso我在集群节点上使用奇点图像。我试过VirtualBox但得到了这个异常：

请注意，奇点映像不能有 sudo，因此所有准备工作都在 Docker 映像中完成，我从中创建了一个奇点映像

我一直在尝试通过https://www.youtube.com/watch?v=FXsgmwpRExM上给出的 HPC 环境中的 Dask 教程。

我已经设法在 Singularity 映像中安装了我需要的所有软件包，然后使用以下命令在 LSF 集群上运行该映像：bsub -ISs -q "par-multi" -J "ipy_test" -n 16 singularity shell container.img

之后，我使用简单的ipython命令启动 ipython，然后使用 dask_jobqueue 导入 LSFClusterfrom dask_jobqueue import LSFCluster

然后，我通过调用设置了我的测试集群，cluster = LSFCluster(cores=2, memory="1 GB")并通过调用设置了 2 个工作人员cluster.scale(2)，此时我得到以下堆栈跟踪：

tornado.application - 错误 - 回调 Traceback 中的异常（最近一次调用最后一次）：文件“/usr/lib64/python2.7/site-packages/tornado/ioloop.py”，第 758 行，在 _run_callback ret = callback() 文件中“/usr/lib64/python2.7/site-packages/tornado/stack_context.py”，第 300 行，在 null_wrapper 返回 fn(*args, **kwargs) 文件“/usr/lib/python2.7/site-packages /dask_jobqueue/core.py”，第 416 行，在 scale_up self.start_workers(n - self._count_active_and_pending_workers()) 文件“/usr/lib/python2.7/site-packages/dask_jobqueue/core.py”，第 330 行，在 start_workers out = self._submit_job(fn) 文件“/usr/lib/python2.7/site-packages/dask_jobqueue/lsf.py”，第 114 行，在 _submit_job 返回 self._call(piped_cmd, shell=True) 文件“ /usr/lib/python2.7/site-packages/dask_jobqueue/core.py", line 383, in _call cmd_str, out, err)) RuntimeError: Command exited with non-zero exit code. Exit code: 127 Command: bsub < /tmp/tmpipG68P.sh 2> /dev/null 标准输出：标准错误：

有人知道我可能会出错吗？

谢谢。

我正在使用 Singularity 3.0 并尝试从 DockerHub 中提取容器映像并在大学集群上运行它。我按照这个食谱开始了。

容器进程启动，但是当我尝试通过浏览器连接时，我收到以下错误日志。

似乎容器中的文件系统只是只读的。如何构建（或运行）容器以使容器的文件系统可写？

更新：

我能够让 RStudio Server 在大学集群上运行，如下所示。

这似乎可行，因为 Singularity 会自动将主机上的用户主目录挂载到容器中，并且我将我的主目录重新定义为my-project-directory在上面。

但是我仍然无法将 R 包安装到容器中，因为文件系统不可写。

最初的问题仍然存在：如何创建具有可写文件系统的 Singularity 3.* 容器？如果这是不可能的，将不胜感激解释为什么。

我想运行一个具有奇异性的 docker 映像（我也从未使用过）。

制作 docker 镜像的人建议将终端 shell 定位到文件（用作 docker 镜像的输入）所在的位置，然后执行以下操作：

docker run -v ${PWD}:/DATA -w /DATA -i image/myimage -specifications

当我省略${PWD}:/DATA -w /DATA并指示输入文件和 docker 图像的路径时，我可以使用奇异性运行此图像。但我更愿意像上面的例子那样运行它。有人可以告诉我如何使用奇点来做到这一点吗？我看到这singularity run --bind可能是一种方法，但无法弄清楚如何。我知道这是非常基础的，但我才刚刚开始学习。谢谢！

我正在使用 Singularity (v. 2.5.1) 配方文件构建应用程序。在某些时候，它在构建过程中失败，cmake失败并将错误写入奇点映像中的日志文件。

要构建图像：

构建的标准输出输出（打印到终端）的结尾是：

问题在于，由于奇点映像构建失败，因此没有用于调查日志的映像。

问题：当映像本身无法构建时，如何保留构建过程中的日志或文件？也许cmake中有一种方法可以将输出从CMakeOutput.log重定向到stdout？

我无法通过奇点运行脚本的输出。

我有一个 python 脚本，在其末尾保存输出：

我想在一台远程机器上运行这个脚本。由于我正在学习奇异性，因此我在目录中制作了一个“沙盒”debian 映像（尚未编译为单个“img”文件）/tmp/debian；test.py在这张图片中，我复制了 python 脚本/usr/src并使用以下命令运行它：

问题：

只要我只显示结果，它就可以很好地工作。对于上面描述的泡菜示例，我在任何地方都没有得到任何saveOut.pkl文件：这个文件只是没有写在任何地方，但我没有看到任何消息。我试图在 python 脚本中编写一个显式路径。例如/usr/src/saveOut.pkl，但这是一样的。

我怎么能写出结果？

您预期的结果是什么，即您希望在哪个目录中找到输出文件？

我希望在saveOutput.pkl任何地方都有一个文件，无论是否在容器中，我不在乎位置。目前我根本不明白：既不是在容器的当前目录中，也不是在容器的 中/usr/src/，也不是在主机上，也不是在任何地方。

你是在主机上还是在容器里找的？

两个，我在任何地方都看不到

我已经构建了一个包含最新 anaconda 版本的奇点映像（jupyter.sif），我想用它来运行一个 jupyter 笔记本。

我想运行这样的东西：

本质上，只需启动一个普通的 jupyter notebook，它将使用 python 版本和安装在奇异图像中的包。理想情况下，笔记本将在图像之外读取和写入文件（因此我指定了绑定路径）。

但是，当我运行上述命令时，出现以下错误：

我认为这是因为笔记本正在尝试在图像中写入内容，并且因为我没有将图像作为 sudo 运行（我不想这样做），而且我在执行图像时也没有指定 --writable （也不想这样做），它抱怨无法在图像中写入。

有没有办法“告诉”图像在我的主目录而不是图像内部读取和写入文件？

谢谢

我遇到过几个实例，其中容器化 conda 环境以实现长期可重复性非常有帮助。由于我通常在高性能计算系统中运行，出于安​​全原因，它们需要是 Singularity 容器。如何才能做到这一点？